Structure-based Virtual Screening and Molecular Dynamic Simulation Studies of the Natural Inhibitors of SARS-CoV-2 Main Protease

Adekunle Babajide Rowaiye; Olukemi Adejoke Onuh; Rita Maneju Sunday; Zainab Dauda Abdulmalik; Doofan Bur; Nkoli Winifred Emeter; Oluwaseun Adeola Obideyi; Charles Diweni Pelletri; Inikpi Rabi Ujah-Samuel; Chiamaka Rosemary Iwuozor; Priscilla Yahemba Aondona; Victoria Onyayi. Etalong; Nuratu Yussuff; Jude Nnamdi Akpa

doi:10.5281/zenodo.3767102

Research Article

Structure-based Virtual Screening and Molecular Dynamic Simulation Studies of the Natural Inhibitors of SARS-CoV-2 Main Protease

1757 reads

Adekunle Babajide Rowaiye , Olukemi Adejoke Onuh , Rita Maneju Sunday , Zainab Dauda Abdulmalik , Doofan Bur , Nkoli Winifred Emeter , Oluwaseun Adeola Obideyi , Charles Diweni Pelletri , Inikpi Rabi Ujah-Samuel , Chiamaka Rosemary Iwuozor , Priscilla Yahemba Aondona , Victoria Onyayi. Etalong , Nuratu Yussuff , Jude Nnamdi Akpa

J Ong Chem Res, 2020, 5 (1), 20-31, DOI: https://doi.org/10.5281/zenodo.3767102, ISSN 2651-4338

Verified on SciChain · token #213 of SciMatic Articles (ERC-1155, 1,000,000 tokens)
Contract 0x0E596B4b…F05eF8 · mint transaction · verify the record

Proof of record · recorded 2026-10-17 · anchored on SciChain · Verify (opens in a new tab) · record

Abstract

In the month of December 2019, the outbreak of COVID-19 disease in China marked the beginning of a global health challenge and the urgent need to discover and design appropriate therapeutic agents. The causative agent, SARS-CoV-2 has a high rate of infectivity and its Main protease enzyme plays a major role in the replication mechanism of the virus. This study is aimed at prospecting for natural compounds that have strong binding affinity and the ability to inhibit the SARS-CoV-2 Main Protease. A library of 1,048 natural compounds (with zero violations for Lipinski and Veber rules) obtained from edible African plants were used for this study. These compounds were molecularly docked against the SARS-CoV-2 Main Protease and the results were screened with the docking score obtained from N3 (-7.8 kcal/mol), which is a co-crystallized ligand of the target protein. Further screening for molar refractivity, pharmacokinetic properties and bioactivity was done with SWISSADME, pKCSM, and Molinspiration webservers respectively. The binding site analyses were done using the PLIP and Fpocket webservers. Molecular dynamic studies and analyses of Apo and Holo structures of target protein were done with the Galaxy webserver. The lead compounds, Rhamnetin and Ellagic acid show better therapeutic prediction than the standard. Whilst Rhamnetin binds at the active site, Ellagic acid binds at another cavity with a probable allosteric effect as suggested by the molecular dynamic studies. Further tests are required to evaluate the SARS-CoV-2 Main protease inhibition properties of the lead compounds.

Keywords ellagic acid covid-19 sars-cov-2 main protease Molecular Dynamic Studies Rhamnetin

The team behind this paper

14 authors, 1 institution.

Readership

642 reads over 33 months.

#3 most read in this journal this month

Feb

Jul

Dec

May

Oct

74

Mar

Aug

February 2024 October 2026

On SciChain

This article is token #213 of SciMatic Articles (ERC-1155): 1,000,000 tokens, minted once, never more. The chain also stores a fingerprint (SHA-256) of the article's record, so anyone can check that it has not been altered.

Holder	Wallet	Tokens
SciMatic	`0xc35709…277732`	100,000 (10%)
Adekunle Babajide Rowaiye	`0x1f7047…dc8bF4`	64,295 (6.43%)
Olukemi Adejoke Onuh	`0x29736e…98F969`	64,285 (6.43%)
Rita Maneju Sunday	`0x43FF34…18c61C`	64,285 (6.43%)
Zainab Dauda Abdulmalik	`0xFA86A1…9ff859`	64,285 (6.43%)
Doofan Bur	`0xe0893f…1A487E`	64,285 (6.43%)
Nkoli Winifred Emeter	`0xaF11F1…023cD7`	64,285 (6.43%)
Oluwaseun Adeola Obideyi	`0x1B346e…f02466`	64,285 (6.43%)
Charles Diweni Pelletri	`0x2d595d…715a07`	64,285 (6.43%)
Inikpi Rabi Ujah-Samuel	`0x8CD96f…5e52A2`	64,285 (6.43%)
Chiamaka Rosemary Iwuozor	`0x2E35e7…3e48dE`	64,285 (6.43%)
Priscilla Yahemba Aondona	`0xECB5d3…Cf0D70`	64,285 (6.43%)
Victoria Onyayi. Etalong	`0xE8510A…cddfd6`	64,285 (6.43%)
Nuratu Yussuff	`0x4961ab…3Be70D`	64,285 (6.43%)
Jude Nnamdi Akpa	`0x3e4008…B347b8`	64,285 (6.43%)

Content hash 0xdc06b56af7bc0d165cb798dca33e28f42f5d3c78b8961c7d644406d8f5a0cbe5

View on the explorer Verify the record Mint transaction

Bibliographic Information

Adekunle Babajide Rowaiye, Olukemi Adejoke Onuh, Rita Maneju Sunday, Zainab Dauda Abdulmalik, Doofan Bur, Nkoli Winifred Emeter, Oluwaseun Adeola Obideyi, Charles Diweni Pelletri, Inikpi Rabi Ujah-Samuel, Chiamaka Rosemary Iwuozor, Priscilla Yahemba Aondona, Victoria Onyayi. Etalong, Nuratu Yussuff, Jude Nnamdi Akpa, (2020). Structure-based Virtual Screening and Molecular Dynamic Simulation Studies of the Natural Inhibitors of SARS-CoV-2 Main Protease, Journal of Ongoing Chemical Research, 5(1): 20-31

Bibtex Citation


                        
            @article{adekunle_babajide_rowaiye2020jocr,

                author       = {Adekunle Babajide Rowaiye and Olukemi Adejoke Onuh and Rita Maneju Sunday and Zainab Dauda Abdulmalik and Doofan Bur and Nkoli Winifred Emeter and Oluwaseun Adeola Obideyi and Charles Diweni Pelletri and Inikpi Rabi Ujah-Samuel and Chiamaka Rosemary Iwuozor and Priscilla Yahemba Aondona and Victoria Onyayi. Etalong and Nuratu Yussuff and Jude Nnamdi Akpa},

                title        = {Structure-based Virtual Screening and Molecular Dynamic Simulation Studies of the Natural Inhibitors of SARS-CoV-2 Main Protease},

                journal      = {Journal of Ongoing Chemical Research},

                year         = {2020},

                volume       = {5},

                number       = {1},

                pages        = {20-31},

                doi          = {10.5281/zenodo.3767102},

                url          = {https://scimatic.org/show_manuscript/213}

              }

APA Citation

Rowaiye, A.B., Onuh, O.A., Sunday, R.M., Abdulmalik, Z.D., Bur, D., Emeter, N.W., Obideyi, O.A., Pelletri, C.D., Ujah-Samuel, I.R., Iwuozor, C.R., Aondona, P.Y., Etalong, V.O., Yussuff, N., Akpa, J.N., (2020). Structure-based Virtual Screening and Molecular Dynamic Simulation Studies of the Natural Inhibitors of SARS-CoV-2 Main Protease. Journal of Ongoing Chemical Research, 5(1), 20-31. https://doi.org/10.5281/zenodo.3767102

Author Information

To change your profile photo, login to scimatic.org, go to your profile and change the photo.
Provide a face photo, and not full body.
It is better to remove the background from your photo. Go to Remove Background and then upload to profile
If you are unable to login, go to Reset My Password provide your email registered with the article and get new password.
In case of any other problem, contact your editor directly or write to us at info @ scimatic.org

Supporting Information

Table 1S: Principal Components Analysis of first three principal components of Apo and Holo structures

	Mpro			Mpro-N3 Complex			Mpro-Ellagc acid Complex			Mpro-Rhamnetin Complex
Residues	PC1	PC2	PC3	PC1	PC2	PC3	PC1	PC2	PC3	PC1	PC2	PC3
1	0.06	0.06	0.08	0.09	0.13	0.07	0.09	0.22	0.33	0.10	0.08	0.20
2	0.05	0.07	0.04	0.10	0.07	0.09	0.06	0.12	0.18	0.07	0.06	0.09
3	0.05	0.06	0.02	0.07	0.03	0.10	0.05	0.09	0.10	0.05	0.06	0.03
4	0.04	0.07	0.03	0.08	0.04	0.08	0.04	0.05	0.06	0.06	0.04	0.03
5	0.03	0.07	0.04	0.09	0.04	0.07	0.04	0.04	0.03	0.07	0.04	0.02
6	0.05	0.07	0.07	0.06	0.06	0.06	0.08	0.03	0.06	0.04	0.04	0.04
7	0.03	0.05	0.06	0.08	0.05	0.04	0.07	0.04	0.04	0.06	0.05	0.04
8	0.03	0.05	0.06	0.09	0.02	0.02	0.07	0.03	0.04	0.05	0.03	0.05
9	0.03	0.05	0.06	0.10	0.02	0.03	0.07	0.03	0.05	0.05	0.03	0.03
10	0.03	0.04	0.05	0.07	0.02	0.04	0.07	0.01	0.05	0.04	0.02	0.05
11	0.03	0.05	0.04	0.06	0.03	0.06	0.05	0.02	0.07	0.03	0.02	0.04
12	0.04	0.06	0.04	0.05	0.02	0.07	0.05	0.01	0.04	0.08	0.01	0.02
13	0.05	0.05	0.04	0.03	0.01	0.05	0.04	0.02	0.03	0.03	0.02	0.03
14	0.02	0.04	0.02	0.04	0.01	0.06	0.04	0.03	0.04	0.04	0.01	0.08
15	0.04	0.04	0.03	0.04	0.02	0.06	0.03	0.02	0.02	0.03	0.05	0.04
16	0.03	0.03	0.03	0.01	0.02	0.06	0.01	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02
17	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.05	0.01	0.01	0.02	0.03	0.03	0.03
18	0.03	0	0.03	0.03	0.03	0.06	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03
19	0.05	0.01	0.04	0.02	0.03	0.02	0.01	0.04	0.02	0.03	0.05	0.03
20	0.05	0.01	0.04	0.02	0.02	0.01	0.02	0.05	0.01	0.02	0.03	0.02
21	0.07	0.02	0.04	0.04	0.01	0.03	0.04	0.07	0.02	0.04	0.05	0.05
22	0.05	0.02	0.04	0.04	0.03	0.07	0.03	0.07	0.01	0.04	0.05	0.05
23	0.1	0.07	0.05	0.06	0.09	0.07	0.06	0.09	0.08	0.06	0.09	0.09
24	0.11	0.09	0.08	0.06	0.08	0.11	0.08	0.11	0.09	0.06	0.12	0.11
25	0.09	0.04	0.05	0.05	0.03	0.06	0.05	0.09	0.06	0.04	0.08	0.07
26	0.07	0.01	0.05	0.04	0.01	0.02	0.03	0.09	0.06	0.03	0.05	0.04
27	0.05	0	0.05	0.04	0.02	0.02	0.02	0.05	0.03	0.03	0.03	0.06
28	0.03	0.01	0.03	0.03	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.04
29	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.06	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.05
30	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.07	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01
31	0.03	0.02	0.01	0.02	0.02	0.06	0.01	0.02	0.02	0.01	0.04	0.02
32	0.04	0.03	0.02	0.01	0.01	0.06	0.03	0.03	0.01	0.02	0.05	0.04
33	0.06	0.03	0.03	0.02	0.02	0.06	0.03	0.04	0.02	0.04	0.06	0.01
34	0.07	0.03	0.03	0.02	0.02	0.06	0.02	0.04	0.03	0.04	0.08	0.02
35	0.04	0.02	0.01	0.02	0.01	0.07	0.02	0.04	0.03	0.03	0.06	0.01
36	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.05	0.02	0.05	0.03	0.02	0.04	0.02
37	0.02	0.02	0.03	0.03	0.02	0.06	0.01	0.04	0.03	0.01	0.03	0.01
38	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.05	0.01	0.03	0.01	0.00	0.02	0.03
39	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.05	0.00	0.02	0.05	0.01	0.01	0.02
40	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03	0.08	0.01	0.04	0.06	0.02	0.02	0.01
41	0.04	0.02	0.05	0.04	0.05	0.08	0.01	0.03	0.06	0.02	0.05	0.02
42	0.04	0.03	0.05	0.04	0.02	0.03	0.01	0.03	0.04	0.03	0.04	0.03
43	0.03	0.02	0.04	0.05	0.01	0.03	0.02	0.03	0.04	0.04	0.02	0.03
44	0.04	0.04	0.07	0.07	0.05	0.03	0.04	0.01	0.06	0.05	0.04	0.04
45	0.04	0.12	0.08	0.06	0.08	0.02	0.06	0.04	0.04	0.06	0.05	0.06
46	0.07	0.19	0.09	0.07	0.11	0.04	0.06	0.07	0.13	0.08	0.10	0.10
47	0.08	0.18	0.08	0.12	0.07	0.09	0.09	0.11	0.04	0.06	0.09	0.07
48	0.03	0.15	0.07	0.11	0.06	0.11	0.09	0.08	0.06	0.06	0.04	0.05
49	0.06	0.1	0.06	0.06	0.11	0.07	0.05	0.04	0.12	0.08	0.07	0.09
50	0.07	0.12	0.05	0.04	0.13	0.05	0.05	0.05	0.11	0.08	0.12	0.11
51	0.06	0.11	0.07	0.02	0.12	0.06	0.03	0.05	0.11	0.07	0.11	0.10
52	0.06	0.06	0.08	0.02	0.09	0.06	0.04	0.04	0.09	0.07	0.08	0.09
53	0.06	0.06	0.08	0.03	0.07	0.08	0.04	0.04	0.09	0.06	0.08	0.08
54	0.04	0.07	0.06	0.05	0.06	0.08	0.05	0.04	0.07	0.06	0.05	0.05
55	0.04	0.08	0.08	0.07	0.07	0.09	0.07	0.07	0.08	0.07	0.06	0.08
56	0.02	0.06	0.08	0.06	0.13	0.11	0.07	0.05	0.09	0.08	0.08	0.09
57	0.03	0.03	0.07	0.06	0.13	0.10	0.06	0.02	0.05	0.07	0.06	0.08
58	0.02	0.07	0.06	0.08	0.12	0.08	0.06	0.05	0.08	0.08	0.06	0.08
59	0.01	0.11	0.1	0.05	0.10	0.06	0.08	0.06	0.13	0.09	0.07	0.07
60	0.02	0.09	0.1	0.05	0.09	0.06	0.08	0.06	0.10	0.09	0.04	0.02
61	0.02	0.09	0.1	0.06	0.09	0.04	0.11	0.04	0.10	0.09	0.01	0.06
62	0.03	0.09	0.08	0.07	0.05	0.05	0.14	0.07	0.12	0.07	0.05	0.05
63	0.05	0.07	0.06	0.07	0.05	0.06	0.09	0.12	0.07	0.06	0.05	0.02
64	0.06	0.06	0.04	0.07	0.05	0.03	0.04	0.12	0.03	0.06	0.05	0.03
65	0.05	0.06	0.05	0.06	0.02	0.04	0.06	0.08	0.06	0.06	0.04	0.03
66	0.05	0.03	0.04	0.04	0.06	0.03	0.03	0.09	0.03	0.06	0.05	0.01
67	0.08	0.01	0.03	0.04	0.06	0.02	0.02	0.13	0.07	0.06	0.04	0.02
68	0.05	0.02	0.04	0.05	0.02	0.02	0.02	0.05	0.04	0.03	0.05	0.01
69	0.07	0.01	0.05	0.05	0.01	0.05	0.01	0.04	0.05	0.04	0.10	0.03
70	0.07	0.03	0.05	0.05	0.06	0.06	0.01	0.03	0.06	0.03	0.10	0.04
71	0.09	0.04	0.07	0.06	0.05	0.06	0.02	0.03	0.06	0.05	0.10	0.01
72	0.1	0.05	0.07	0.06	0.07	0.06	0.03	0.05	0.09	0.08	0.12	0.01
73	0.1	0.02	0.06	0.07	0.06	0.08	0.03	0.05	0.10	0.05	0.14	0.04
74	0.08	0.02	0.06	0.07	0.05	0.05	0.01	0.05	0.06	0.06	0.11	0.04
75	0.07	0.03	0.03	0.05	0.06	0.07	0.01	0.06	0.04	0.04	0.09	0.04
76	0.07	0.03	0.04	0.06	0.06	0.08	0.02	0.07	0.03	0.05	0.08	0.01
77	0.04	0.05	0.04	0.05	0.04	0.04	0.03	0.07	0.03	0.05	0.05	0.01
78	0.03	0.06	0.05	0.06	0.04	0.03	0.04	0.09	0.04	0.06	0.06	0.01
79	0.03	0.07	0.05	0.04	0.05	0.03	0.05	0.10	0.04	0.07	0.04	0.01
80	0.04	0.02	0	0.06	0.04	0.03	0.02	0.08	0.05	0.06	0.03	0.02
81	0.03	0.02	0.02	0.05	0.03	0.06	0.02	0.08	0.05	0.06	0.03	0.02
82	0.01	0.02	0.03	0.05	0.01	0.06	0.04	0.05	0.04	0.05	0.02	0.01
83	0.02	0.05	0.04	0.04	0.04	0.07	0.07	0.09	0.05	0.05	0.04	0.04
84	0.03	0.02	0.02	0.04	0.04	0.06	0.08	0.09	0.07	0.02	0.04	0.04
85	0.02	0.02	0.02	0.04	0.03	0.05	0.04	0.07	0.02	0.02	0.04	0.02
86	0.01	0.02	0.02	0.04	0.02	0.06	0.03	0.05	0.03	0.02	0.03	0.01
87	0.01	0.02	0.02	0.04	0.02	0.05	0.02	0.07	0.04	0.02	0.02	0.01
88	0.02	0.02	0.02	0.05	0.01	0.08	0.02	0.07	0.04	0.03	0.03	0.01
89	0.03	0.02	0.01	0.06	0.02	0.08	0.02	0.07	0.03	0.04	0.04	0.01
90	0.04	0.03	0.03	0.03	0.02	0.05	0.03	0.07	0.03	0.05	0.05	0.01
91	0.06	0.04	0.03	0.01	0.02	0.06	0.02	0.06	0.04	0.04	0.07	0.01
92	0.07	0.06	0.07	0.03	0.02	0.07	0.04	0.06	0.04	0.04	0.08	0.02
93	0.09	0.06	0.03	0.05	0.07	0.06	0.03	0.04	0.04	0.01	0.09	0.05
94	0.08	0.05	0.04	0.05	0.07	0.07	0.03	0.03	0.04	0.02	0.09	0.05
95	0.07	0.03	0.02	0.01	0.03	0.07	0.02	0.02	0.03	0.02	0.07	0.01
96	0.1	0.04	0.04	0.05	0.07	0.04	0.03	0.02	0.03	0.03	0.07	0.03
97	0.06	0.05	0.07	0.04	0.09	0.09	0.04	0.02	0.02	0.03	0.05	0.07
98	0.05	0.02	0.04	0.03	0.03	0.07	0.04	0.04	0.01	0.04	0.05	0.04
99	0.05	0.03	0.05	0.03	0.01	0.07	0.03	0.06	0.02	0.06	0.05	0.06
100	0.06	0.02	0.05	0.03	0.01	0.09	0.03	0.07	0.04	0.06	0.04	0.02
101	0.05	0.02	0.06	0.03	0.01	0.08	0.05	0.06	0.04	0.05	0.03	0.04
102	0.06	0.03	0.06	0.04	0.01	0.08	0.06	0.04	0.04	0.05	0.03	0.04
103	0.05	0.02	0.07	0.04	0.01	0.06	0.05	0.04	0.04	0.05	0.03	0.03
104	0.06	0.01	0.07	0.04	0.01	0.06	0.07	0.04	0.03	0.05	0.03	0.04
105	0.05	0.01	0.03	0.05	0.04	0.07	0.02	0.08	0.06	0.04	0.04	0.06
106	0.04	0.01	0.04	0.05	0.04	0.06	0.02	0.09	0.03	0.05	0.04	0.07
107	0.04	0.02	0.03	0.06	0.02	0.06	0.05	0.06	0.03	0.07	0.03	0.05
108	0.04	0.04	0.04	0.08	0.03	0.04	0.06	0.03	0.04	0.07	0.02	0.03
109	0.04	0.04	0.06	0.08	0.05	0.03	0.04	0.04	0.03	0.05	0.02	0.03
110	0.04	0.04	0.05	0.07	0.04	0.02	0.04	0.04	0.02	0.05	0.03	0.03
111	0.04	0.05	0.05	0.07	0.03	0.01	0.04	0.03	0.02	0.05	0.03	0.04
112	0.04	0.03	0.05	0.06	0.03	0.01	0.06	0.03	0.02	0.05	0.03	0.03
113	0.04	0.03	0.05	0.06	0.03	0.02	0.06	0.02	0.02	0.05	0.03	0.02
114	0.03	0.04	0.05	0.06	0.03	0.03	0.04	0.02	0.03	0.04	0.03	0.02
115	0.02	0.03	0.03	0.06	0.02	0.03	0.03	0.01	0.03	0.03	0.02	0.03
116	0.01	0.02	0.03	0.06	0.03	0.03	0.03	0.03	0.02	0.04	0.02	0.02
117	0.02	0.01	0.03	0.04	0.03	0.05	0.02	0.02	0.03	0.03	0.02	0.02
118	0.03	0.01	0.03	0.03	0.05	0.07	0.03	0.03	0.02	0.04	0.04	0.06
119	0.04	0.04	0.03	0.05	0.07	0.11	0.02	0.03	0.02	0.06	0.05	0.14
120	0.04	0.05	0.03	0.03	0.06	0.04	0.01	0.03	0.03	0.03	0.03	0.02
121	0.03	0.04	0.04	0.03	0.04	0.10	0.02	0.04	0.03	0.05	0.04	0.11
122	0.02	0.06	0.04	0.02	0.02	0.07	0.04	0.04	0.03	0.05	0.03	0.05
123	0.02	0.07	0.05	0.05	0.02	0.05	0.04	0.05	0.05	0.06	0.03	0.02
124	0.02	0.03	0.05	0.07	0.05	0.05	0.06	0.05	0.05	0.04	0.02	0.06
125	0.02	0.05	0.05	0.07	0.04	0.05	0.05	0.03	0.04	0.04	0.03	0.02
126	0.03	0.08	0.04	0.08	0.03	0.02	0.06	0.03	0.03	0.05	0.03	0.02
127	0.03	0.05	0.05	0.08	0.02	0.02	0.06	0.03	0.03	0.05	0.03	0.02
128	0.04	0.04	0.04	0.06	0.02	0.02	0.04	0.03	0.02	0.06	0.04	0.02
129	0.04	0.04	0.04	0.05	0.03	0.02	0.05	0.02	0.02	0.06	0.04	0.03
130	0.03	0.04	0.04	0.05	0.03	0.03	0.06	0.03	0.02	0.06	0.02	0.02
131	0.03	0.04	0.04	0.05	0.02	0.01	0.06	0.02	0.01	0.07	0.02	0.02
132	0.04	0.04	0.05	0.04	0.04	0.02	0.06	0.04	0.03	0.07	0.01	0.03
133	0.05	0.04	0.06	0.04	0.05	0.03	0.02	0.04	0.03	0.07	0.02	0.02
134	0.05	0.03	0.04	0.03	0.03	0.04	0.02	0.04	0.02	0.04	0.03	0.01
135	0.05	0.03	0.04	0.03	0.02	0.03	0.02	0.04	0.02	0.04	0.04	0.05
136	0.04	0.03	0.04	0.04	0.01	0.02	0.04	0.03	0.02	0.04	0.03	0.09
137	0.03	0.04	0.03	0.05	0.03	0.02	0.05	0.05	0.03	0.06	0.02	0.15
138	0.06	0.07	0.07	0.07	0.08	0.01	0.05	0.04	0.02	0.07	0.06	0.09
139	0.1	0.09	0.04	0.07	0.07	0.02	0.06	0.05	0.07	0.08	0.07	0.06
140	0.08	0.05	0.08	0.09	0.10	0.05	0.05	0.08	0.08	0.07	0.07	0.04
141	0.09	0.07	0.06	0.09	0.12	0.07	0.05	0.12	0.06	0.05	0.08	0.06
142	0.1	0.07	0.04	0.08	0.11	0.08	0.05	0.11	0.13	0.07	0.09	0.07
143	0.07	0.05	0.03	0.07	0.08	0.05	0.03	0.06	0.08	0.06	0.08	0.03
144	0.04	0.01	0.03	0.05	0.08	0.07	0.02	0.04	0.03	0.03	0.07	0.03
145	0.03	0.03	0.02	0.02	0.02	0.04	0.01	0.04	0.02	0.02	0.03	0.02
146	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.04	0.00	0.02	0.03	0.02	0.02	0.01
147	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.05	0.01	0.02	0.04	0.03	0.02	0.01
148	0.01	0.01	0.04	0.02	0.02	0.04	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.01
149	0.03	0.02	0.05	0.04	0.01	0.03	0.04	0.03	0.02	0.04	0.03	0.02
150	0.03	0.02	0.06	0.06	0.03	0.03	0.05	0.02	0.02	0.04	0.02	0.02
151	0.04	0.03	0.05	0.07	0.03	0.01	0.06	0.03	0.03	0.05	0.03	0.05
152	0.04	0.03	0.07	0.08	0.02	0.03	0.06	0.05	0.02	0.05	0.04	0.05
153	0.05	0.02	0.09	0.09	0.04	0.05	0.06	0.07	0.02	0.07	0.06	0.05
154	0.05	0.03	0.12	0.08	0.04	0.07	0.07	0.10	0.03	0.07	0.07	0.07
155	0.04	0.05	0.08	0.06	0.02	0.09	0.08	0.09	0.03	0.07	0.06	0.07
156	0.05	0.04	0.07	0.06	0.02	0.04	0.07	0.06	0.03	0.06	0.04	0.08
157	0.04	0.03	0.06	0.05	0.01	0.04	0.05	0.04	0.03	0.04	0.03	0.06
158	0.05	0.02	0.07	0.05	0.01	0.03	0.07	0.03	0.02	0.05	0.03	0.05
159	0.04	0.02	0.04	0.03	0.02	0.04	0.05	0.03	0.02	0.04	0.02	0.03
160	0.04	0.01	0.03	0.02	0.02	0.05	0.05	0.03	0.02	0.04	0.03	0.02
161	0.03	0.02	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03	0.03	0.02	0.03	0.03	0.02
162	0.02	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.02	0.03	0.01
163	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.04	0.02	0.04	0.01
164	0.03	0.02	0.02	0.01	0.03	0.02	0.01	0.04	0.03	0.01	0.06	0.02
165	0.03	0.03	0.03	0.01	0.06	0.01	0.03	0.07	0.04	0.03	0.05	0.04
166	0.03	0.03	0.05	0.02	0.08	0.02	0.05	0.08	0.05	0.03	0.05	0.08
167	0.02	0.03	0.05	0.05	0.14	0.07	0.07	0.08	0.13	0.04	0.03	0.12
168	0.03	0.07	0.05	0.07	0.20	0.09	0.10	0.09	0.20	0.05	0.06	0.18
169	0.03	0.05	0.03	0.07	0.22	0.11	0.12	0.11	0.22	0.06	0.03	0.16
170	0.04	0.03	0.02	0.06	0.18	0.10	0.09	0.07	0.15	0.05	0.03	0.18
171	0.03	0.04	0.04	0.05	0.14	0.03	0.05	0.05	0.13	0.04	0.03	0.12
172	0.04	0.03	0.04	0.03	0.07	0.02	0.04	0.04	0.03	0.04	0.02	0.06
173	0.03	0.03	0.03	0.02	0.04	0.02	0.02	0.04	0.02	0.03	0.03	0.03
174	0.03	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.03	0.01	0.02	0.05	0.02
175	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.03	0.03	0.04	0.02
176	0.04	0.02	0.02	0.03	0.03	0.03	0.03	0.05	0.05	0.03	0.05	0.03
177	0.03	0.03	0.04	0.03	0.03	0.03	0.05	0.05	0.04	0.02	0.03	0.04
178	0.04	0.04	0.02	0.05	0.03	0.05	0.07	0.04	0.02	0.05	0.06	0.07
179	0.04	0.02	0.03	0.03	0.03	0.04	0.06	0.06	0.09	0.05	0.06	0.02
180	0.04	0.02	0.04	0.03	0.03	0.03	0.02	0.04	0.02	0.04	0.06	0.04
181	0.04	0.02	0.03	0.01	0.01	0.03	0.02	0.03	0.04	0.02	0.04	0.03
182	0.05	0.02	0.03	0.02	0.01	0.03	0.02	0.06	0.04	0.03	0.04	0.01
183	0.06	0.02	0.04	0.03	0.01	0.03	0.03	0.07	0.03	0.03	0.04	0.02
184	0.04	0.01	0.03	0.04	0.03	0.03	0.06	0.08	0.03	0.03	0.05	0.03
185	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.05	0.05	0.09	0.03	0.03	0.05	0.03
186	0.03	0.01	0.02	0.01	0.04	0.06	0.05	0.07	0.03	0.02	0.06	0.02
187	0.03	0.01	0.03	0.01	0.04	0.03	0.06	0.04	0.04	0.02	0.05	0.03
188	0.05	0.06	0.03	0.03	0.10	0.05	0.05	0.04	0.07	0.03	0.08	0.06
189	0.06	0.1	0.04	0.05	0.15	0.03	0.06	0.07	0.08	0.05	0.10	0.08
190	0.07	0.09	0.04	0.07	0.15	0.03	0.05	0.11	0.06	0.04	0.09	0.07
191	0.08	0.12	0.04	0.11	0.16	0.04	0.04	0.13	0.07	0.03	0.09	0.04
192	0.08	0.05	0.02	0.07	0.11	0.05	0.05	0.10	0.06	0.02	0.06	0.02
193	0.14	0.12	0.05	0.05	0.05	0.07	0.04	0.11	0.06	0.05	0.04	0.07
194	0.12	0.04	0.06	0.02	0.02	0.06	0.04	0.09	0.03	0.06	0.04	0.07
195	0.04	0.04	0.06	0.03	0.06	0.05	0.02	0.04	0.08	0.08	0.04	0.06
196	0.08	0.07	0.04	0.05	0.05	0.03	0.05	0.03	0.09	0.07	0.05	0.05
197	0.04	0.07	0.08	0.04	0.05	0.01	0.07	0.02	0.03	0.08	0.07	0.04
198	0.03	0.03	0.09	0.04	0.07	0.02	0.10	0.02	0.04	0.08	0.07	0.06
199	0.03	0.02	0.07	0.03	0.04	0.01	0.08	0.03	0.03	0.06	0.04	0.06
200	0.01	0.01	0.04	0.03	0.03	0.02	0.07	0.02	0.02	0.05	0.01	0.06
201	0.02	0.01	0.04	0.02	0.03	0.02	0.05	0.02	0.02	0.03	0.01	0.04
202	0.02	0.02	0.04	0.03	0.02	0.02	0.05	0.01	0.02	0.04	0.02	0.05
203	0.02	0.02	0.04	0.03	0.01	0.02	0.04	0.01	0.02	0.03	0.01	0.05
204	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03
205	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03
206	0.03	0.03	0.03	0.01	0.02	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.04
207	0.03	0.03	0.01	0.04	0.02	0.03	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.04
208	0.01	0.03	0.03	0.04	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.03	0.02	0.03
209	0.03	0.02	0.04	0.02	0.00	0.04	0.03	0.02	0.01	0.03	0.03	0.05
210	0.05	0.02	0.02	0.03	0.01	0.06	0.02	0.01	0.02	0.03	0.04	0.06
211	0.04	0.02	0.02	0.05	0.03	0.05	0.03	0.00	0.03	0.06	0.04	0.05
212	0.03	0.03	0.03	0.05	0.02	0.04	0.05	0.03	0.03	0.06	0.04	0.04
213	0.06	0.06	0.02	0.04	0.02	0.07	0.06	0.03	0.04	0.06	0.05	0.07
214	0.06	0.05	0.02	0.08	0.03	0.09	0.07	0.03	0.04	0.07	0.06	0.08
215	0.06	0.05	0.04	0.10	0.06	0.06	0.10	0.03	0.05	0.09	0.05	0.05
216	0.04	0.03	0.06	0.10	0.07	0.06	0.08	0.03	0.04	0.09	0.03	0.04
217	0.02	0.04	0.08	0.09	0.07	0.04	0.09	0.05	0.03	0.08	0.03	0.05
218	0.03	0.04	0.11	0.11	0.08	0.04	0.09	0.05	0.04	0.10	0.01	0.04
219	0.03	0.02	0.1	0.09	0.06	0.03	0.05	0.03	0.04	0.08	0.00	0.02
220	0.02	0.02	0.11	0.09	0.05	0.04	0.06	0.03	0.04	0.08	0.02	0.02
221	0.07	0.03	0.11	0.09	0.05	0.05	0.07	0.04	0.04	0.09	0.04	0.03
222	0.09	0.04	0.11	0.12	0.05	0.09	0.09	0.06	0.02	0.11	0.07	0.02
223	0.1	0.04	0.09	0.10	0.01	0.10	0.08	0.04	0.03	0.08	0.09	0.03
224	0.1	0.05	0.08	0.08	0.02	0.08	0.07	0.06	0.04	0.08	0.11	0.07
225	0.1	0.05	0.06	0.08	0.02	0.07	0.06	0.05	0.03	0.06	0.09	0.02
226	0.1	0.05	0.08	0.10	0.04	0.08	0.07	0.04	0.03	0.07	0.10	0.05
227	0.08	0.05	0.08	0.09	0.04	0.11	0.08	0.05	0.01	0.06	0.10	0.05
228	0.1	0.06	0.09	0.07	0.05	0.15	0.08	0.08	0.03	0.07	0.13	0.04
229	0.1	0.07	0.05	0.07	0.04	0.12	0.04	0.07	0.03	0.06	0.11	0.07
230	0.09	0.07	0.05	0.07	0.02	0.08	0.02	0.08	0.01	0.05	0.09	0.06
231	0.08	0.07	0.06	0.08	0.02	0.11	0.08	0.08	0.02	0.05	0.09	0.04
232	0.09	0.06	0.06	0.08	0.05	0.11	0.04	0.06	0.06	0.05	0.11	0.06
233	0.08	0.03	0.05	0.07	0.05	0.09	0.04	0.08	0.08	0.02	0.09	0.05
234	0.07	0.03	0.06	0.07	0.04	0.05	0.06	0.09	0.04	0.03	0.07	0.01
235	0.09	0.04	0.07	0.06	0.04	0.07	0.07	0.06	0.07	0.06	0.09	0.09
236	0.11	0.03	0.07	0.03	0.03	0.08	0.06	0.05	0.08	0.04	0.09	0.10
237	0.08	0.02	0.08	0.01	0.05	0.07	0.06	0.04	0.06	0.04	0.08	0.06
238	0.06	0.02	0.1	0.03	0.05	0.05	0.08	0.07	0.05	0.05	0.05	0.10
239	0.03	0.03	0.08	0.03	0.05	0.03	0.08	0.03	0.04	0.05	0.05	0.05
240	0.02	0.05	0.09	0.06	0.06	0.04	0.09	0.04	0.04	0.07	0.05	0.03
241	0.04	0.06	0.09	0.05	0.08	0.07	0.08	0.04	0.08	0.07	0.07	0.05
242	0.05	0.04	0.07	0.07	0.03	0.07	0.08	0.05	0.04	0.07	0.05	0.03
243	0.05	0.02	0.1	0.08	0.04	0.08	0.09	0.05	0.05	0.09	0.08	0.05
244	0.07	0.03	0.13	0.07	0.04	0.09	0.10	0.05	0.06	0.11	0.09	0.06
245	0.06	0.03	0.14	0.06	0.04	0.09	0.10	0.04	0.06	0.11	0.09	0.07
246	0.06	0.03	0.08	0.06	0.04	0.09	0.08	0.04	0.03	0.09	0.07	0.06
247	0.06	0.03	0.08	0.05	0.04	0.10	0.08	0.05	0.03	0.09	0.07	0.05
248	0.06	0.03	0.1	0.05	0.06	0.11	0.11	0.07	0.03	0.10	0.09	0.04
249	0.06	0.03	0.08	0.04	0.06	0.09	0.10	0.05	0.04	0.07	0.08	0.04
250	0.06	0.03	0.07	0.03	0.05	0.06	0.08	0.04	0.04	0.05	0.06	0.04
251	0.08	0.03	0.1	0.03	0.05	0.07	0.10	0.06	0.01	0.07	0.08	0.04
252	0.08	0.03	0.1	0.02	0.04	0.08	0.10	0.07	0.04	0.08	0.09	0.03
253	0.06	0.02	0.07	0.02	0.02	0.07	0.07	0.03	0.03	0.06	0.06	0.02
254	0.07	0.02	0.07	0.03	0.04	0.04	0.08	0.04	0.01	0.06	0.06	0.05
255	0.1	0.04	0.11	0.04	0.04	0.08	0.11	0.06	0.04	0.07	0.09	0.10
256	0.09	0.04	0.09	0.03	0.04	0.08	0.10	0.05	0.05	0.08	0.09	0.10
257	0.08	0.03	0.08	0.04	0.04	0.06	0.09	0.04	0.01	0.07	0.06	0.08
258	0.09	0.03	0.06	0.05	0.05	0.06	0.11	0.03	0.00	0.07	0.06	0.08
259	0.07	0.02	0.06	0.05	0.04	0.05	0.09	0.03	0.03	0.06	0.04	0.08
260	0.09	0.02	0.05	0.06	0.02	0.05	0.09	0.04	0.04	0.07	0.06	0.07
261	0.07	0.01	0.04	0.05	0.01	0.03	0.06	0.05	0.04	0.06	0.05	0.06
262	0.09	0.02	0.04	0.06	0.01	0.03	0.05	0.04	0.03	0.06	0.06	0.06
263	0.07	0.03	0.04	0.06	0.01	0.03	0.05	0.04	0.03	0.07	0.06	0.08
264	0.05	0.02	0.04	0.03	0.01	0.02	0.04	0.04	0.02	0.05	0.04	0.08
265	0.06	0.01	0.03	0.04	0.02	0.03	0.03	0.05	0.02	0.04	0.04	0.03
266	0.07	0.02	0.05	0.05	0.02	0.04	0.03	0.06	0.03	0.05	0.04	0.05
267	0.06	0.02	0.05	0.03	0.03	0.04	0.03	0.06	0.03	0.06	0.04	0.04
268	0.05	0.02	0.03	0.02	0.04	0.03	0.01	0.04	0.03	0.03	0.03	0.03
269	0.07	0.03	0.04	0.04	0.06	0.02	0.01	0.05	0.04	0.02	0.04	0.05
270	0.08	0.05	0.05	0.04	0.07	0.04	0.03	0.05	0.06	0.05	0.04	0.05
271	0.05	0.03	0.04	0.03	0.04	0.03	0.04	0.05	0.05	0.05	0.03	0.03
272	0.08	0.05	0.04	0.03	0.02	0.02	0.04	0.06	0.05	0.04	0.05	0.02
273	0.11	0.07	0.05	0.04	0.07	0.01	0.04	0.08	0.05	0.04	0.06	0.05
274	0.12	0.07	0.08	0.04	0.12	0.06	0.05	0.07	0.06	0.07	0.06	0.05
275	0.11	0.04	0.1	0.05	0.11	0.05	0.08	0.07	0.05	0.07	0.05	0.03
276	0.09	0.08	0.12	0.07	0.11	0.04	0.13	0.07	0.04	0.07	0.05	0.04
277	0.13	0.26	0.17	0.13	0.09	0.03	0.26	0.08	0.10	0.12	0.03	0.15
278	0.15	0.05	0.13	0.14	0.18	0.04	0.09	0.12	0.14	0.12	0.04	0.07
279	0.12	0.02	0.11	0.14	0.10	0.05	0.08	0.07	0.08	0.11	0.03	0.03
280	0.07	0.03	0.07	0.12	0.07	0.03	0.05	0.06	0.07	0.10	0.03	0.04
281	0.04	0.01	0.06	0.09	0.04	0.03	0.03	0.04	0.04	0.08	0.03	0.05
282	0.06	0.02	0.07	0.10	0.04	0.03	0.03	0.05	0.04	0.08	0.04	0.04
283	0.08	0.04	0.1	0.15	0.08	0.04	0.04	0.06	0.07	0.13	0.04	0.04
284	0.06	0.04	0.06	0.12	0.08	0.05	0.03	0.05	0.08	0.11	0.04	0.05
285	0.06	0.07	0.03	0.10	0.08	0.06	0.05	0.08	0.10	0.12	0.03	0.04
286	0.05	0.05	0.05	0.07	0.05	0.04	0.04	0.07	0.05	0.10	0.04	0.05
287	0.04	0.03	0.05	0.04	0.05	0.03	0.03	0.07	0.05	0.07	0.03	0.04
288	0.03	0.02	0.04	0.05	0.02	0.04	0.05	0.04	0.01	0.05	0.04	0.04
289	0.01	0.02	0.04	0.05	0.03	0.02	0.04	0.02	0.02	0.05	0.04	0.04
290	0.03	0.02	0.05	0.06	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.05	0.05	0.02
291	0.04	0.03	0.02	0.05	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.04	0.04	0.02
292	0.04	0.04	0.03	0.05	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.04	0.03	0.03
293	0.03	0.04	0.05	0.03	0.02	0.04	0.03	0.05	0.02	0.03	0.03	0.05
294	0.04	0.04	0.03	0.04	0.02	0.04	0.03	0.05	0.02	0.05	0.06	0.05
295	0.04	0.04	0.01	0.04	0.01	0.02	0.03	0.04	0.02	0.04	0.06	0.05
296	0.03	0.05	0.02	0.03	0.01	0.07	0.02	0.04	0.01	0.03	0.06	0.05
297	0.03	0.06	0.04	0.01	0.03	0.07	0.03	0.07	0.01	0.05	0.05	0.04
298	0.02	0.05	0.03	0.03	0.02	0.02	0.02	0.10	0.01	0.06	0.03	0.03
299	0.02	0.07	0.02	0.04	0.02	0.03	0.04	0.08	0.04	0.06	0.05	0.05
300	0.02	0.09	0.03	0.05	0.02	0.03	0.04	0.05	0.02	0.05	0.06	0.01
301	0.07	0.07	0.03	0.04	0.03	0.06	0.10	0.05	0.03	0.07	0.04	0.01
302	0.03	0.23	0.06	0.07	0.08	0.08	0.08	0.06	0.05	0.07	0.02	0.04
303	0.04	0.2	0.06	0.04	0.07	0.09	0.08	0.03	0.05	0.03	0.04	0.06
304	0.06	0.2	0.07	0.04	0.05	0.08	0.09	0.03	0.04	0.05	0.05	0.09
305	0.07	0.2	0.05	0.04	0.04	0.09	0.09	0.04	0.03	0.09	0.07	0.09
306	0.14	0.28	0.05	0.11	0.09	0.09	0.09	0.09	0.17	0.14	0.22	0.27

Total (global)	15.37	13.21	15.53	15.54	13.79	15.58	14.99	15.33	13.72	15.94	15.40	14.27
Average (global)	0.05	0.04	0.05	0.05	0.05	0.05	0.05	0.05	0.04	0.05	0.05	0.05

Total (regional)	1.00	0.97	0.81	0.96	1.83	1.02	0.85	1.28	1.45	0.78	1.26	1.13
Average (regional)	0.05	0.05	0.04	0.05	0.09	0.05	0.04	0.06	0.07	0.04	0.06	0.06

Table 2S: Per residue RMSF values for Apo and Holo structures

Residues	Mpro	Mpro-N3	Mpro-Ellagic acid	Mpro-Rhamnetin
1	1.21	1.54	2.36	1.95
2	0.94	1.52	1.54	1.29
3	0.81	0.93	0.93	0.80
4	0.80	0.76	0.78	0.87
5	0.71	0.76	0.60	0.89
6	0.80	0.82	0.85	0.78
7	0.70	0.71	0.75	0.77
8	0.63	0.70	0.71	0.70
9	0.77	0.79	0.77	0.78
10	0.68	0.68	0.75	0.81
11	0.73	0.62	0.73	0.76
12	0.78	0.63	0.65	1.08
13	0.74	0.59	0.62	0.56
14	0.66	0.57	0.64	0.71
15	0.71	0.57	0.73	0.75
16	0.46	0.45	0.45	0.51
17	0.54	0.46	0.39	0.50
18	0.50	0.48	0.39	0.45
19	0.57	0.43	0.43	0.51
20	0.58	0.44	0.46	0.46
21	0.77	0.52	0.75	0.65
22	0.69	0.58	0.64	0.69
23	1.29	0.97	1.19	1.16
24	1.50	1.12	1.35	1.48
25	1.07	0.71	0.98	0.97
26	0.75	0.50	0.79	0.61
27	0.60	0.41	0.46	0.54
28	0.46	0.39	0.36	0.42
29	0.44	0.55	0.39	0.50
30	0.50	0.51	0.37	0.40
31	0.50	0.43	0.36	0.44
32	0.58	0.46	0.46	0.56
33	0.71	0.54	0.61	0.69
34	0.72	0.56	0.56	0.74
35	0.53	0.51	0.50	0.56
36	0.37	0.48	0.47	0.42
37	0.39	0.47	0.46	0.39
38	0.40	0.41	0.36	0.34
39	0.38	0.43	0.45	0.41
40	0.45	0.53	0.59	0.43
41	0.57	0.68	0.58	0.49
42	0.69	0.50	0.56	0.53
43	0.54	0.52	0.55	0.56
44	0.72	0.76	0.75	0.76
45	1.17	0.74	0.84	0.91
46	1.56	1.10	1.09	1.35
47	1.61	1.26	1.31	1.46
48	1.17	1.07	1.16	1.22
49	1.08	1.06	0.58	1.09
50	1.15	1.07	0.89	1.22
51	1.12	0.99	0.90	1.18
52	0.89	0.88	0.79	1.04
53	0.95	0.96	0.88	1.09
54	0.86	0.90	0.76	0.85
55	1.03	1.11	0.96	1.11
56	0.92	1.20	0.98	1.22
57	0.78	1.05	0.84	1.05
58	0.87	1.09	0.89	1.01
59	1.14	1.09	1.16	1.20
60	1.02	0.99	1.26	1.24
61	1.00	0.83	1.15	1.17
62	1.01	0.89	1.46	1.03
63	0.88	0.82	1.15	0.85
64	0.93	0.82	0.93	0.97
65	0.83	0.71	0.91	0.95
66	0.65	0.66	0.68	0.79
67	0.88	0.74	0.84	0.81
68	0.64	0.54	0.51	0.56
69	0.80	0.66	0.71	0.84
70	0.86	0.80	0.88	0.83
71	1.10	1.07	1.23	1.09
72	1.53	1.15	1.41	1.35
73	1.27	0.96	1.19	1.21
74	0.98	0.78	0.82	0.97
75	0.82	0.75	0.64	0.80
76	0.82	0.82	0.70	0.85
77	0.62	0.63	0.64	0.68
78	0.69	0.62	0.79	0.78
79	0.73	0.60	0.87	0.78
80	0.60	0.61	0.72	0.82
81	0.61	0.56	0.69	0.78
82	0.53	0.56	0.64	0.63
83	0.59	0.62	0.88	0.69
84	0.53	0.64	0.97	0.61
85	0.46	0.50	0.63	0.54
86	0.39	0.45	0.54	0.48
87	0.44	0.48	0.58	0.43
88	0.48	0.60	0.59	0.51
89	0.42	0.68	0.52	0.56
90	0.55	0.48	0.58	0.62
91	0.70	0.52	0.58	0.67
92	0.88	0.61	0.74	0.82
93	0.97	0.83	0.72	0.88
94	0.97	0.79	0.75	0.85
95	0.78	0.57	0.56	0.62
96	1.13	0.94	0.83	0.87
97	0.94	0.96	0.63	0.80
98	0.68	0.61	0.61	0.69
99	0.69	0.56	0.67	0.86
100	0.72	0.55	0.72	0.85
101	0.71	0.50	0.71	0.72
102	0.76	0.55	0.78	0.71
103	0.71	0.55	0.68	0.73
104	0.75	0.56	0.72	0.76
105	0.69	0.69	0.71	0.74
106	0.67	0.62	0.81	0.78
107	0.68	0.63	0.72	0.89
108	0.73	0.65	0.69	0.82
109	0.74	0.67	0.55	0.74
110	0.60	0.57	0.50	0.62
111	0.65	0.52	0.45	0.72
112	0.56	0.52	0.54	0.61
113	0.52	0.50	0.57	0.58
114	0.58	0.54	0.53	0.54
115	0.54	0.54	0.47	0.49
116	0.62	0.58	0.55	0.55
117	0.53	0.49	0.55	0.53
118	0.62	0.66	0.50	0.66
119	0.85	1.02	0.56	1.00
120	0.82	0.67	0.51	0.62
121	0.87	0.78	0.56	0.90
122	0.77	0.55	0.66	0.76
123	0.79	0.51	0.75	0.87
124	0.63	0.86	0.85	0.87
125	0.60	0.58	0.63	0.60
126	0.70	0.59	0.63	0.65
127	0.62	0.62	0.60	0.65
128	0.60	0.57	0.51	0.67
129	0.71	0.50	0.59	0.67
130	0.58	0.48	0.62	0.67
131	0.54	0.44	0.57	0.71
132	0.64	0.59	0.68	0.73
133	0.69	0.57	0.49	0.72
134	0.59	0.52	0.43	0.54
135	0.61	0.46	0.52	0.57
136	0.61	0.43	0.53	0.66
137	0.65	0.64	0.69	0.99
138	1.08	0.90	0.77	1.04
139	1.44	0.88	0.88	1.02
140	1.15	0.99	0.91	0.95
141	1.23	1.17	1.05	1.01
142	1.30	1.10	1.17	1.12
143	0.99	0.85	0.80	1.07
144	0.66	0.70	0.51	0.81
145	0.57	0.45	0.47	0.55
146	0.46	0.43	0.42	0.44
147	0.43	0.45	0.48	0.47
148	0.42	0.43	0.44	0.51
149	0.54	0.45	0.50	0.49
150	0.55	0.53	0.53	0.52
151	0.62	0.55	0.65	0.63
152	0.68	0.60	0.67	0.71
153	0.95	0.81	0.86	1.02
154	1.13	0.89	1.00	1.17
155	0.92	0.83	0.95	1.07
156	0.75	0.62	0.76	0.82
157	0.63	0.50	0.60	0.64
158	0.66	0.51	0.65	0.61
159	0.52	0.46	0.56	0.54
160	0.54	0.55	0.57	0.59
161	0.46	0.48	0.49	0.51
162	0.43	0.46	0.44	0.49
163	0.43	0.37	0.48	0.49
164	0.46	0.40	0.43	0.48
165	0.50	0.50	0.61	0.65
166	0.65	0.65	0.77	0.67
167	0.85	1.04	1.13	0.79
168	1.42	1.49	1.78	1.13
169	1.20	1.54	1.93	1.06
170	1.22	1.34	1.39	1.06
171	0.69	1.02	1.00	0.83
172	0.62	0.59	0.62	0.59
173	0.52	0.49	0.47	0.53
174	0.47	0.39	0.42	0.50
175	0.42	0.31	0.44	0.47
176	0.53	0.55	0.72	0.56
177	0.55	0.60	0.79	0.61
178	0.60	0.67	0.86	0.84
179	0.55	0.50	0.93	0.79
180	0.60	0.44	0.61	0.73
181	0.49	0.37	0.48	0.51
182	0.56	0.38	0.52	0.49
183	0.62	0.47	0.59	0.59
184	0.67	0.65	0.76	0.71
185	0.60	0.55	0.69	0.66
186	0.56	0.57	0.67	0.74
187	0.60	0.55	0.69	0.61
188	0.79	0.86	0.76	0.74
189	1.04	1.11	0.95	0.99
190	1.09	1.08	1.06	0.97
191	1.31	1.37	1.05	0.97
192	0.98	0.98	0.82	0.78
193	1.67	0.99	0.95	0.97
194	1.56	0.90	0.88	0.97
195	0.88	0.90	0.95	1.08
196	1.06	0.97	1.00	1.01
197	0.90	0.65	0.80	0.97
198	0.68	0.64	0.97	0.98
199	0.53	0.50	0.73	0.74
200	0.48	0.43	0.61	0.63
201	0.46	0.34	0.50	0.47
202	0.47	0.36	0.49	0.53
203	0.43	0.32	0.46	0.44
204	0.37	0.30	0.38	0.38
205	0.40	0.29	0.33	0.33
206	0.50	0.32	0.44	0.36
207	0.45	0.37	0.38	0.39
208	0.40	0.33	0.36	0.43
209	0.49	0.32	0.38	0.49
210	0.55	0.43	0.39	0.53
211	0.49	0.46	0.47	0.69
212	0.49	0.45	0.59	0.73
213	0.78	0.55	0.65	0.76
214	0.81	0.74	0.68	0.89
215	0.85	0.83	0.90	1.00
216	0.69	0.80	0.75	0.90
217	0.67	0.78	0.82	0.94
218	0.81	0.83	0.81	1.09
219	0.71	0.73	0.59	0.85
220	0.69	0.73	0.64	0.87
221	0.88	0.80	0.71	1.02
222	1.10	1.07	0.99	1.25
223	1.11	0.89	0.83	1.11
224	1.10	0.71	0.83	1.12
225	1.10	0.69	0.67	0.92
226	1.16	0.86	0.75	0.98
227	1.03	0.92	0.83	0.94
228	1.21	0.96	0.99	1.12
229	1.18	0.90	0.79	1.06
230	1.00	0.68	0.64	0.81
231	1.03	0.77	0.91	0.87
232	1.13	0.93	0.78	0.98
233	0.97	0.78	0.85	0.77
234	0.85	0.67	0.92	0.65
235	1.06	0.83	0.96	0.95
236	1.20	0.75	0.88	0.96
237	0.93	0.74	0.87	0.87
238	0.86	0.88	1.00	1.00
239	0.61	0.66	0.73	0.73
240	0.78	0.76	0.85	0.83
241	0.92	0.84	0.91	0.92
242	0.81	0.67	0.78	0.78
243	0.80	0.79	0.98	1.03
244	0.96	0.79	1.04	1.22
245	1.02	0.72	1.07	1.22
246	0.83	0.70	0.85	1.00
247	0.85	0.72	0.87	1.04
248	0.90	0.80	1.11	1.17
249	0.84	0.64	1.00	0.93
250	0.74	0.54	0.82	0.73
251	1.02	0.63	1.03	0.99
252	1.02	0.56	1.07	1.05
253	0.72	0.46	0.75	0.76
254	0.77	0.51	0.78	0.85
255	1.14	0.64	1.10	1.14
256	1.11	0.64	1.03	1.12
257	0.94	0.68	0.86	0.96
258	1.01	0.67	1.01	0.92
259	0.81	0.60	0.86	0.84
260	0.86	0.64	0.84	0.90
261	0.76	0.58	0.68	0.79
262	0.86	0.61	0.63	0.82
263	0.81	0.55	0.61	0.89
264	0.69	0.45	0.51	0.75
265	0.70	0.46	0.49	0.61
266	0.78	0.50	0.57	0.71
267	0.73	0.47	0.55	0.75
268	0.64	0.39	0.43	0.55
269	0.75	0.56	0.47	0.61
270	0.89	0.70	0.58	0.78
271	0.67	0.62	0.63	0.76
272	0.96	0.56	0.71	0.80
273	1.20	0.73	0.77	0.90
274	1.35	1.15	1.13	1.16
275	1.20	1.10	1.18	1.04
276	1.20	1.12	1.31	1.04
277	2.45	1.50	2.27	1.60
278	1.91	1.63	1.59	1.57
279	1.32	1.14	1.17	1.27
280	0.86	0.95	0.96	1.09
281	0.59	0.73	0.67	0.87
282	0.78	0.84	0.79	0.93
283	1.02	1.16	1.03	1.35
284	0.75	1.04	0.91	1.19
285	0.95	1.03	1.09	1.25
286	0.80	0.73	0.85	1.04
287	0.63	0.60	0.70	0.84
288	0.54	0.50	0.57	0.63
289	0.45	0.45	0.53	0.59
290	0.56	0.51	0.52	0.65
291	0.52	0.44	0.43	0.60
292	0.55	0.40	0.43	0.58
293	0.59	0.38	0.54	0.55
294	0.56	0.51	0.55	0.72
295	0.58	0.44	0.45	0.65
296	0.62	0.47	0.49	0.61
297	0.76	0.52	0.62	0.80
298	0.75	0.47	0.69	0.74
299	0.80	0.52	0.77	0.77
300	0.86	0.67	0.74	0.78
301	1.26	0.82	1.12	1.00
302	1.71	1.00	1.31	1.24
303	1.51	0.90	1.07	1.05
304	1.69	0.89	1.00	1.19
305	1.66	0.83	1.06	1.47
306	3.00	1.66	1.58	2.70

Total Global	246.83	212.67	232.45	249.35
Av Global	0.81	0.70	0.76	0.81

Total Regional	17.21	16.93	16.34	16.24
Av regional	0.86	0.85	0.82	0.81

Structure-based Virtual Screening and Molecular Dynamic Simulation Studies of the Natural Inhibitors of SARS-CoV-2 Main Protease

Abstract

Share This Paper

The team behind this paper

Readership

Related work on SciMatic

On SciChain

Bibliographic Information

Author Information

Supporting Information