Probiyotikler, yeterli miktarlarda alındığında geleneksel beslenme etkilerinin ötesinde  sağlık üzerinde olumlu etki gösteren canlı mikroorganizmalar olarak tanımlanmaktadır. Probiyotiklerin söz konusu olumlu etkilerinden biri bağırsak metabolizmasına etki ederek mukozal bağışıklığı uyarmasıdır. Son zamanlarda yapılan birçok çalışmada atopik egzema, astım ve diğer alerjileri kapsayan atopik hastalıklar ile gıda allerjilerinin belirtilerinin tedavisinde ve bunlardan korunmada bağırsaklarda kolonize olan bakterilerin rollerinden bahsedilmektedir. Probiyotiklerin mukozal bariyer fonksiyonunu geliştirerek allerjik reaksiyon üzerinde  yararlı etki gösterdiği ve bunun yanında küçük çocuklar tarafından probiyotik tüketiminin bağışıklık sisteminin gelişimini olumlu yönde etkileyebildiği bildirilmektedir. Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum gibi probiyotikler süt proteininin neden olabileceği gıda allerjilerinin tedavisinde kullanılmaktadır. Örneğin Lactobacillus rhamnosus ’un muhtemelen bu proteinleri daha küçük peptidlere ve amino asitlere  parçalamak suretiyle etki ettiği belirlenmiştir. Söz konusu bakterinin diyetlerine ilave edilen  çocuklarda atopik dermatit belirtilerini azalttığı da  tespit edilmiştir. Yeni doğan bebeklerde probiyotik kullanımı onları çocukluk döneminde oluşabilecek alerjilerden koruyabilmektedir. Özellikle son yıllarda alerjik hastalıkların sık görülmesi sonucu konu ile ilgili çalışmalar artmakta ve Batılı toplumlarda bu hastalıkların tedavisinde  toz, jel veya kapsül formunda probiyotikler kullanılmaktadır.