Introducción. Las infecciones hospitalarias son una amenaza para la salud pública. A pesar de los esfuerzos para contenerlas, su incidencia sigue siendo grande y genera altos costos en la atención en salud. Objetivo. Determinar los factores asociados a mortalidad en pacientes con diagnóstico de infecciones hospitalarias en nuestra institución. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio prospectivo de cohortes entre enero y diciembre del 2011 por medio de la observación de 1.015 pacientes con diagnóstico de infección de acuerdo a los criterios del sistema de vigilancia hospitalaria sugeridos por los Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Se excluyó a quienes no tenían cultivo microbiológico de la infección o habían tenido reingresos hospitalarios en menos de un año. Se evaluaron variables sociodemográficas y clínicas, perfiles de resistencia microbiológica y uso de antibióticos. La variable de desenlace fue la muerte. Se realizó un análisis de supervivencia para cada variable, estableciendo significación estadística con la prueba de log-rank, así como un análisis multivariado mediante regresión de Cox. Se consideraron significativos los valores de p menores de 0,05. Resultados. El promedio de edad fue de 43 años (57 % hombres y 43 % mujeres); 53 % de los pacientes tuvo diagnóstico clínico y 47 %, quirúrgico; 54 % de las infecciones se presentó en la herida quirúrgica y 62 % de ellas se asociaron a microorganismos Gram negativos. La mortalidad durante el seguimiento fue de 24,4 %. En el análisis multivariado se encontró asociación con mortalidad para las variables de estancia en cuidado intensivo (hazard ratio (HR)=1,51; IC95% 1,13-2,01), uso inapropiado de antibióticos (HR=3,05; IC95% 2,34-3,98) y uso de antibiótico genérico o copia (HR=1,91; IC IC95% 1,43-2,55). Conclusiones. El empleo de moléculas genéricas y el uso inadecuado de antibióticos en pacientes con infecciones hospitalarias son factores que pueden modificarse para disminuir la mortalidad.