Para estudios epidemiológicos y programas de control de las leishmaniasis es importante la determinación taxonómica del insecto vector y del agente etiológico causante de esta enfermedad. Por su eficacia y sensibilidad, la utilización de técnicas moleculares, como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) ha permitido avances en entomología médica. La metodología tradicional usada para la búsqueda de infección en los flebótomos es un método dispendioso que requiere mucho tiempo y capacitación para emitir un diagnóstico acertado. En el presente trabajo se evaluaron las condiciones y prácticas adecuadas para el almacenamiento de flebótomos con el propósito de aplicar la PCR. Hembras de Lutzomyia longipalpis de la colonia del Instituto Nacional de Salud se infectaron experimentalmente con una cepa de Leishmania chagasi del valle alto del río Magdalena (Quipile, Cundinamarca). Los insectos infectados se preservaron en tres soluciones: etanol al 100%, etanol al 70% y en buffer Tris- EDTA (TE); submuestras de cada una se almacenaron a -80 °C, -20 °C y a temperatura ambiente. Para determinar los porcentajes de infección, algunas de las hembras se disecaron para buscar las formas flageladas al microscopio. La extracción del KADN se realizó con Chelex 100. Para la amplificación se utilizaron los iniciadores OL1 y OL2 de Leishmania con electroforesis en geles de agarosa al 1%. En cada una de las condiciones descritas se logró la amplificación de un fragmento de »120 pb, correspondiente a Leishmania spp. Estos resultados muestran la ventaja de incorporar como técnica de rutina la PCR para detectar flebótomos infectados de zonas endémicas de leishmaniasis visceral. Por costo-efectividad, se concluyó que las muestras entomológicas para estudios de incriminación vectorial utilizando la PCR, se pueden preservar a temperatura ambiente en etanol al 70%.