La prise de conscience par les acteurs sociaux et politiques des enjeux environnementaux et de la nécessité de conservation de la biodiversité va conduire à de nouvelles politiques et à l’utilisation d’outils de planification territoriale novateurs comme le Schéma de Cohérence Territorial (SCoT). Le SCoT est l’instrument central de l’aménagement communautaire urbain français, qui associe le rôle d’assemblage de plusieurs politiques sectorielles et de coordination multi-scalaire aux objectifs de conception de villes durables. Il est donc souhaité que les SCoTs soient capables: (a) d’améliorer les procédures d’aménagement par l’instauration de territoires de planification mieux adaptés aux enjeux, (b) d’élargir le dialogue entre acteurs et société civile et (c) d’agir pour la “soutenabilité” des villes. Nous nous interrogeons ici sur la prise en compte de la biodiversité dans les stratégies et prescriptions mises en place par les SCoTs de la Communauté d’Agglomération de Montpellier et de la Région Urbaine Grenobloise. A partir d’une analyse empirique, nous prétendons identifier les stratégies prescrites et les limites de ces documents d’urbanisme en ce qui concerne ces stratégies et leur application, la pertinence des périmètres de projet et d’action.