Abstract: Students’ Critical Thinking in Writing a Thesis Using the Transitivity System. This paper reports on a small part of the results of a study in attempting to identify students’ ability and difficulties in writing an English undergraduate thesis in a state university in Indonesia. The paper centres around the students’ ability and difficulties in writing a data presentation and discussion chapter, which are related to critical capacity looked at in this study. The paper begins with a brief introduction, which presents the background and the theories underpinning the study. This will be followed by an account of the methodology, in which it is argued that the study used a case study method, particularly text analysis  and involved  nine theses  selected randomly and analysed based on the elements of a conventional research report and the Transitivity system of systemic functional grammar, developed by Halliday. The paper then delineates the results, showing that despite their  good control in the discourse semantic level, students in general still need a lot of guidance and assistance in writing a data presentation and discussion chapter. Recommendation for further research will conclude the paper. Abstrak: Kemampuan Berpikir Kritis Mahasiswa dalam Menulis Tesis. Artikel ini membahas sebagian hasil penelitian yang berupaya untuk mengidentifikasi kemampuan dan kesulitan mahasiswa dalam menulis skripsi. Pembahasan difokuskan pada kemampuan dan kesulitan mahasiswa dalam menulis bab pemaparan dan pembahasan data, yang sangat erat kaitannya dengan kemampuan berpikir kritis. Penelitian ini menggunakan rancangan studi kasus, khususnya analisis teks dan melibatkan 9 skrip yang dipilih secara acak. Data dianalisis berdasarkan struktur organisasi atau elemen-elemen yang seharusnya ada dalam laporan penelitian konvensional dan sistem Transitivity dari tata bahasa sistemik fungsional yang dikembangkan oleh Halliday. Hasil penelitian mengindikasikan bahwa secara global atau dalam tataran teks secara keseluruhan pada umumnya mahasiswa mempunyai pemahaman dan kontrol yang kuat mengenai struktur organisasi skripsi. Namun demikian, dalam tataran mikro atau ciri linguistik dari setiap elemen atau bab yang ada dalam skripsi, para mahasiswa masih membutuhkan banyak tutunan serta bimbingan dalam menulis bab pemaparan serta pembahasan data.