Considerando que el biodiesel se está convirtiendo en una solución viable para algunos problemas energéticos y medioambientales, la investigación de materias primas para su producción es un tema de creciente interés. Este estudio presenta los resultados de una investigación dedicada al análisis preliminar de varias especies vegetales (biomasa), potencialmente útiles para producir biodiesel. La zona de bioprospección es una región de la costa pacifica colombiana. Las especies promisorias recolectadas fueron sometidas a diferentes pruebas normalizadas ASTM para definir propiedades que faciliten su evaluación. Algunas de las especies fueron sometidas a un proceso de transesterificación. Adicionalmente, se realiza una comparación entre las propiedades termo-físicas de los biodiesel y las propiedades del diesel comercial. Las pruebas de rendimiento de estos biocombustibles en los motores de encendido por compresión, particularmente la eficiencia, el consumo y la potencia a diferentes RPM del motor, se presentan en este trabajo.