OBJETIVOS: Conhecer o perfil de colonização fúngica e os fatores de risco associados em recém-nascidos prematuros. MÉTODOS: Coorte prospectiva, de 01/04/10 a 31/04/11, com 44 pacientes admitidos na unidade de terapia intensiva neonatal, nascidos na maternidade do hospital, com peso menor que 1.500 g. Na admissão, coletaram-se dados sobre pré-natal e parto. Informações clínico-laboratoriais, swabs nasal, retal e hemocultura periférica foram coletados nos dias 1, 7, 10 e 14 de permanência na unidade de terapia intensiva neonatal e, então, a cada 7 dias até alta ou óbito. Para análise estatística, utilizou-se teste qui-quadrado, exato de Fisher, curva de Kaplan-Meier e modelo de regressão logística. RESULTADOS: A incidência de colonização foi de 13,5/1.000 pacientes/dia. A de candidemia foi de 0,9/1.000 paciente/dia. A média de internamento foi de 30,5 dias (±20,27), sendo o início da colonização, em média, aos 11,13 dias (±8,82). O parto vaginal foi um fator de risco independente para desenvolvimento de colonização fúngica ao longo da internação [p = 0,042; odds ratio = 4,38; intervalo de confiança de 95% (IC95%) = 1,13-16,99]. Da mesma forma, a leucocitose (> 30.000/mm3) na admissão foi um sinalizador para a presença concomitante de colonização (p = 0,048). A presença de displasia broncopulmonar tende a ser um fator de maior chance para desenvolvimento de colonização (p = 0,067). O sítio de colonização mais acometido foi a mucosa retal: 89,09 versus 10,9% da nasal. CONCLUSÃO: Parto vaginal e leucocitose acima de 30.000/mm3 na admissão foram fatores de risco para colonização fúngica no decorrer da hospitalização.