En las últimas tres décadas, la imagen del Estado sobre la Amazonia se ha transformado. De considerarla como una región que solo producía gastos al erario público, las prospecciones minero-energéticas demuestran la presencia de recursos ávidamente demandados por el mercado mundial que aclimatará la política de reprimarización de la economía y la privatización de los procesos extractivos, en manos de empresas transnacionales, amparado en la propiedad estatal del subsuelo y en el de interés nacional con respecto a sus bienes. Paradójicamente, durante el mismo periodo, las normas nacionales e internacionales han reconocido la autonomía de los indígenas, como un derecho fundamental, que promovió su reorganización, bajo una entidad panétnica, con vínculos nacionales e internacionales, que participa de escenarios de concertación política con el Estado, en defensa de sus derechos colectivos, articulándolos con reivindicaciones populares regionales. Aunque la autonomía no se restringe al control territorial, como siempre ocurre con las economías de enclave, su oneroso impacto se descargará sobre el territorio y sus pobladores, que en la Amazonia incluye más del 60 % de los grupos indígenas del país. Este artículo introduce la tensión sobre las expectativas y el reciente impacto de las políticas de intervención del Estado en la Amazonia y el proceso de reorganización del movimiento indígena.