OBJETIVOS: Determinar a prevalência de infecção do trato respiratório inferior (ITRI) por Chlamydia trachomatis em lactentes internados e descrever as características clínicas, laboratoriais e radiológicas da doença. MÉTODOS: Este foi um estudo do tipo corte transversal, realizado durante um período de 12 meses. Foram incluídos todos os lactentes de até 6 meses internados consecutivamente no Centro Pediátrico Professor Hosannah de Oliveira da Universidade Federal da Bahia, em Salvador, BA, com diagnóstico clínico ou clínico-radiológico de ITRI. O diagnóstico de infecção por C. trachomatis foi realizado através da pesquisa de anticorpos da classe IgM, utilizando-se o ensaio imunoenzimático (ELISA). A prevalência de ITRI por C. trachomatis foi determinada, e foram calculadas as razões de prevalência para essa infecção e variáveis clínicas e laboratoriais. RESULTADOS: Cento e cinquenta e um lactentes realizaram sorologia para C. trachomatis, das quais 15 (9,9%) foram positivas. A infecção por C. trachomatis ocorreu unicamente entre os menores de 5 meses, principalmente naqueles menores de 2 meses. Três crianças com infecção por C. trachomatis nasceram de parto cesáreo. Conjuntivite e eosinofilia ocorreram em 33,3% dos casos. As radiografias de tórax se mostraram alteradas em 92% dos casos. Demonstrou-se associação da infecção por C. trachomatis com duração de internação superior a 15 dias (p = 0,0398) e com oxigenoterapia (p = 0,0484). CONCLUSÕES: Houve alta prevalência de ITRI por C. trachomatis na população estudada. A infecção por esta bactéria foi associada a uma forma mais grave da doença, demonstrando a importância de se investigar essa infecção na gestante de forma a evitar o adoecimento de recém-nascidos.