Os objetivos deste artigo consistem em discutir a percepção dos trabalhadores de saúde em relação ao descarte de medicamentos e analisar como ocorre essa prática em Unidades de Saúde da Família (USF) de um município baiano. Estudo qualitativo e exploratório, que teve como sujeitos enfermeiros, técnicos de enfermagem, agentes comunitários de saúde e farmacêuticos da Assistência Farmacêutica e da Vigilância Sanitária. Realizaram-se entrevistas semiestruturadas e observação sistemática com utilização de roteiros previamente elaborados e utilizou-se o método análise de conteúdo para análise dos dados. Os resultados apontaram pouca compreensão dos trabalhadores quanto ao descarte adequado, execução de práticas divergentes dos dispositivos legais e desarticulação entre a vigilância sanitária e os demais serviços de saúde. A elaboração de estratégias efetivas devem envolver desde a gestão até a prescrição e o uso de medicamentos e requerem esforços políticos, econômicos e a participação social.