Análises experimentais foram realizadas objetivando a composição quantitativa dos ácidos graxos Eicosapentaenóico (EPA) e Docosahexaenóico (DHA), em diferentes partes do corpo de espécies de peixes marinhos da costa brasileira (atum, bonito, olho de boi, cavalinha, sardinha e serra). Os teores de EPA e DHA foram analisados em duas partes distintas: olho (órbita ocular e material gorduroso da cavidade ocular) e filés, sendo significativas as diferenças entre as mesmas. Os teores de DHA para uma determinada espécie foram sempre superiores no olho em relação ao filé, sendo o mesmo observado para o EPA em quatro das espécies (olho de boi, cavalinha, sardinha e serra). Comparando-se a mesma espécie e partes do corpo dos peixes, observou-se que os teores de DHA foram superiores aos teores de EPA, exceto para a sardinha. A somatória dos níveis de EPA e DHA em filés foram maiores para as espécies sardinha e bonito, mostrando serem uma boa fonte alimentar destes ácidos, especialmente a sardinha por ser uma fonte com preço acessível no Brasil.