Madrasah di Timur Tengah telah dikenal 8 atau 9 abad sebelum madrasah di Indonesia, yang muncul sebagai reaksidari gerakan pembaruan sekaligus sebagai respon terhadap adanya kebijakan pendidikan penjajah Belanda yang sekuler.Madrasah mendapat tempat yang layak di Indonesia setelah terbitnya SKB 3 menteri (Menteri Dalam Negeri, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, dan Menteri Agama) tahun 1975, dimana madrasah disamakan dengan sekolah lain dari segi status ijazah, kesempatan lulusan melanjutkan pendidikan dan pindah sekolah. Dalam perkembangan selanjutnya, madrasah seolah mengalami disorientasi.Hal ini disebabkan oleh dua hal, pertama, pergeseran paradigma ke arah sekularistik.Pelaksanaan pendidikan telah diwarnai bahkan dimaknai dengan paradigma parsial bukan holistik sebagaimana yang dikehendaki oleh Islam.Seharusnya, pendidikan madrasah harus secara utuh menjadikan Islam sebagai asas dalam penentuan tujuan pendidikan, perumusan kurikulum dan standar nilai ilmu pengetahuan dan proses belajar mengajar, termasuk penentuan kualifikasi guru serta budaya sekolah yang akan dikembangkan di madrasah. Kedua, kelemahan fungsional kelembagaan sebagai dampak bergesernya orientasi dan fungsi keluarga dan adanya pengaruh dan tuntutan masyarakat yang materialistik-hedonistik.Kelemahan madrasah terlihat pada kacaunya kurikulum, tidak optimalnya peran guru, serta budaya sekolah yang tidak seiring dengan kehendak Islam.