Foi analisado o processo de gerenciamento colegiado implementado pelas Ações Integradas de Saúde (AIS), no Estado de São Paulo, na década de 80. A base de dados foi constituída por informações coletadas junto à Comissão Interinstitucional de Saúde (CIS-SP). Foram também investigadas a participação dos diversos representantes, as decisões e as resoluções originadas nessa instância de gerenciamento do sistema de saúde. A análise conjunta das informações coletadas mostrou que houve mudança substancial no papel de gerenciamento do setor saúde no Estado, principalmente a partir de 1987. O processo de gestão colegiada, iniciada com as AIS, foi sendo substituído paulatinamente pela gestão única, com a separação nítida das responsabilidades entre os níveis de governo municipal, estadual e federal. Esta mudança dificultou o processo de negociação e de definição de objetivos comuns entre os responsáveis pela política de saúde, que vinham sendo constituídos no Estado desde as AIS.