Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui bagaimana pengaruh penggunaan e-learning terhadap motivasi dan prestasi belajar matematika siswa SD Negeri Tahunan Yogyakarta. Populasi penelitian ini adalah siswa SD Negeri Tahunan Yogyakarta dengan sampel siswa kelas IVA dan IVB yang berjumlah 66 siswa. Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Mei sampai dengan bulan Juni tahun 2012. Penelitian ini merupakan penelitian quasi eksperimen dengan menggunakan posttest-only control-group design. Statistik analisis uji t digunakan untuk mengetahui perbedaan rerata dua buah kelompok dan uji T2 Hotteling’s Trace untuk mengetahui pengaruh penggunaan e-learning terhadap motivasi dan prestasi belajar siswa. Berdasarkan hasil uji t dapat diketahui motivasi belajar siswa menunjukkan nilai signifikansi sebesar 0,008 atau lebih kecil dari α 5% dan prestasi belajar siswa menunjukkan nilai signifikansi sebesar 0,003 atau lebih kecil dari α 5% yang berarti bahwa: Ada perbedaan motivasi dan prestasi belajar matematika siswa menggunakan e-learning di SD Negeri Tahunan Yogyakarta. Berdasarkan hasil uji T2 Hotteling’s Trace diketahui nilai signifikasi sebesar 0,001 atau lebih kecil dari α 5% dan rata-rata skor angket untuk motivasi belajar siswa kelompok eksperimen sebesar 74,03 dan kelompok kontrol sebesar 70,42 dan rata-rata skor tes untuk prestasi belajar siswa kelompok eksperimen sebesar 15,45 dan kelompok kontrol sebesar 12,09 yang berarti bahwa ada pengaruh positif penggunaan e-learning terhadap motivasi dan prestasi belajar siswa di SD Negeri Tahunan Yogyakarta. Kata kunci : e-learning, motivasi, prestasi