Antecedentes. Es importante mantener un control de la calidad microbiológica del agua utilizada en los procedimientos odontológicos. Objetivo. Evaluar la calidad bacteriológica del agua empleada en las unidades odontológicas de una clínica universitaria en el oriente de Colombia. Materiales y métodos. Muestreo de seis unidades odontológicas escogidas aleatoriamente que contaban con sistema cerrado; de cada una de ellas se tomaron tres muestras de instrumentos diferentes: pieza de mano de alta velocidad, jeringa triple y tanque. La técnica utilizada para el recuento bacteriológico fue filtración por membrana y la identificación de los microorganismos se realizó con pruebas bioquímicas rápidas Crystal BBL®. Resultados. La investigación reveló un alto grado de contaminación bacteriana que no cumple con los parámetros microbiológicos establecidos en la Resolución 2115 de 2007 y en la Norma Técnica Colombiana para agua potable. Se evidenció la presencia de Coliformes totales en un 94,4%, Escherichia coli en un 16,6% y Enterococcus spp. en un 88,8% de las 18 muestras analizadas. Los recuentos de Coliformes totales, Escherichia coli y Enterococcus spp. por medio de UFC/100mL no mostraron diferencias estadísticas en los tres instrumentos analizados P=0,927, P=0,996 y P=0,0396 (Kruskal-Wallis). Adicionalmente se identificó Pseudomonas spp., microorganismo oportunista en pacientes inmunosuprimidos. Conclusiones. La clínica debe mejorar sus protocolos o adoptar otros, para así disminuir el riesgo de contraer cualquier tipo de infección.