Mikroskobik yöntemler, mikrobiyel hücrelerin varlığının belirlenmesinde çok hızlı yöntemlerdir. Standart kültürel yöntemler ile karşılaştırıldığında canlı ve ölü hücrelerin beraberce sayılması gibi bir dezavantajı bulunmakla beraber, hammaddenin mikrobiyel durumu hakkında bilgi vermesi açısından avantaj da taşımaktadır. DEFT, basit direk mikroskobik sayım yöntemlerinden yaklaşık 100 kat daha duyarlı ve sonuçları kültürel sayım ile kıyaslanabilecek kadar doğru sonuçlar veren bir yöntemdir. DEFT yöntemi canlı ve ölü hücreler arasındaki ayrımı sağlamaktadır. Fluorochrome işaretli antikorların kullanımı ile belirli mikroorganizmaların tür düzeyinde tespiti de mümkündür.