Malaysia telah terkehadapan kerana berjaya memperkenalkan satu piawaian bagi Sistem Pengurusan Kualiti Islam (SPKI) yang pertama kalinya di dunia pada tahun 2005. Piawaian ini dikenali sebagai MS 1900:2005 (Sistem Pengurusan Kualiti – Keperluan Menurut Perspektif Islam). Kajian ini dijalankan bertujuan meneroka tentang cabaran-cabaran yang dihadapi dalam pelaksanaan MS 1900 di Institusi Pengajian Tinggi (IPT) di Malaysia yang melibatkan Institusi Pengajian Tinggi Awam (IPTA) dan Institusi Pengajian Tinggi Swasta (IPTS). Kajian kualitatif ini menggunakan kaedah temu bual separa berstruktur sebagai kaedah utama pengumpulan data yang kemudiannya disokong oleh data dari beberapa dokumen berkaitan dan menerusi pemerhatian. Data dianalisis dengan bantuan perisian NVivo versi 10 bagi membina kodkod dan tema-tema isu yang dikaji. Informan kajian yang terlibat adalah dipilih secara kaedah persampelan bertujuan iaitu membabitkan pelbagai golongan warga kerja terlibat secara aktif dengan pelaksanaan SPK MS 1900 di IPT terlibat. Hasil kajian mendapati bahawa terdapat perbezaan keutamaan antara cabaran yang dihadapi bagi kedua-dua IPT terbabit. Merujuk kepada hasil kajian di IPTA, cabarannya bermula dengan aspek berkaitan dengan sikap pekerjanya sendiri, bebanan tugas, kekurangan latihan dan aspek kemanusiaan. Manakala cabaran IPTS lebih banyak tertumpu kepada aspek bebanan, latihan, kemanusiaan, pemantauan, kewangan dan sikap individu sendiri. Kajian ini merupakan antara kajian terawal mengenai pelaksanaan MS 1900 di Malaysia, maka hasil daripada kajian ini memberi sumbangan yang besar dalam pembangunan ilmu dan teori berkenaan dengan bidang pengurusan kualiti Islam.