O objetivo deste estudo foi investigar a produção acadêmica de teses em fisioterapia publicadas no banco de Teses da Capes. Neste estudo foram selecionados e listados os resumos que se relacionaram com a Fisioterapia. De um universo de 135 teses localizadas no banco de teses foram consideradas e analisadas 85, entre os anos de 1987 a 2009. O estudo foi orientado por pressupostos epistemológicos de Fleck, mais especificamente as categorias estilo de pensamento, coletivo de pensamento, circulação intracoletiva e intercoletiva de pensamento. A sistematização dos dados foi realizada por meio de um quadro sinóptico contendo os seguintes dados: título do trabalho, ano de defesa, autor, palavras-chave, orientador, instituição à qual pertence o trabalho, temática investigada, modalidade da pesquisa. Diante das temáticas analisadas, é possível que estejamos diante de dois estilos de pensamento que parecem nortear as pesquisas em fisioterapia. O primeiro estilo é o de avaliação fisioterápica, epidemiologia e tratamento fisioterápico. Este estilo está na fase de transformação e aglutina um conjunto de pesquisas que priorizam aspectos epistemológicos que se denomina empiristas e são investigadas de forma desvinculada da dinâmica social mais ampla. Já o segundo estilo de pensamento é de educação em saúde, promoção à saúde, formação profissional e ética. Está na fase de instauração e prioriza aspectos epistemológicos; emana do realismo, afina-se fortemente com o modelo construtivista, relaciona-se fortemente ao contexto histórico-social. O percurso das temáticas das teses foi processual, em que velhas questões de pesquisa estão cedendo lugar a novos questionamentos.