Os livros didáticos de Química, via de regra, fazem uso de analogias por se tratar de uma disciplina que envolve inúmeros conceitos abstratos. No entanto, há pouca pesquisa envolvendo identificação e explicação sobre as analogias utilizadas em livros didáticos direcionados ao ensino superior. Nesse sentido, o presente trabalho apresenta um estudo comparativo entre as analogias encontradas em livros de Química Orgânica e Físico-química destinados a estudantes do ensino superior. Foram identificadas 277 analogias nos livros analisados e categorizadas conforme sistemas adaptados de Thiele e Treagust (1994) e Francisco Junior (2009).Uma forma de abordagem mais adequada de utilização das analogias nesses livros foi realizada, bem como a verificação da importância do papel dos professores no uso desse recurso didático. Os resultados indicam que esses livros são ricos em analogias simples, dando ênfase às análogos estruturais no caso de livros de Química Orgânica e análogos funcionais nos de Físico-Química. As analogias simples são mais fáceis de induzirem os alunos a erros conceituais, pois mostram poucas similaridades entre os domínios comparados. É importante ressaltar que nesta pesquisa observa-se uma baixa ocorrência de analogias em que o autor do livro reconhece as limitações e/ou discute estas, repassando toda a responsabilidade ao professor e ao aluno no que se refere à explicação e percepção das analogias, respectivamente. É mister afirmar que muitas das analogias encontradas em alguns capítulos dos livros analisados, poderiam ser suprimidas sem perda significativa da compreensão dos conceitos abordados.