FUNDAMENTO: Diversos mecanismos podem estar envolvidos no desencadeamento da síncope em pacientes com cardiomiopatia hipertrófica (CMH), incluindo colapsos hemodinâmicos que podem estar relacionados a um desequilíbrio autonômico. OBJETIVO: Avaliar e comparar a função autonômica de pacientes que apresentam CMH com síncope inexplicada (SI) com os que não apresentam síncope. MÉTODOS: Trinta e sete pacientes foram incluídos, sendo 16 com SI e 21 sem síncope. Sua função autonômica foi avaliada por sensibilidade barorreflexa (SB) espontânea e induzida por fenilefrina, pela variabilidade da frequência cardíaca (VFC) no domínio do tempo durante o Holter de 24 horas e no domínio da frequência (análise espectral), ambos em decúbito dorsal e no teste de inclinação (TI) a 70º. RESULTADOS: A SB espontânea mostrou-se semelhante em ambos os grupos (16,46 ± 12,99 vs. 18,31 ± 9,88 ms/mmHg, p = 0,464), assim como a SB induzida por fenilefrina (18,33 ± 9,31 vs. 15,83 ± 15,48 ms/mmHg, p = 0,521). Não foram observadas diferenças no SDNN (137,69 ± 36,62 vs . 145,95 ± 38,07 ms, p = 0,389). O grupo com síncope apresentou um RMSSD significativamente menor (24,88 ± 10,03 vs. 35,58 ± 16,43 ms, p = 0,042) e tendência a menor pNN50 (4,51 ± 3,78 vs . 8,83 ± 7,98%, p =0,085) e a menores valores do componente de alta frequência da análise espectral da VFC em repouso (637,59 ± 1.295,53 vs. 782,65 ± 1.264,14 ms2 , p = 0,075). Nenhuma diferença significativa foi observada em resposta ao TI (p = 0,053). A sensibilidade, especificidade e acurácia do TI na identificação da etiologia da SI em pacientes com CMH foram 6%, 66% e 40%, respectivamente. CONCLUSÃO: Observou-se tônus parassimpático mais baixo em pacientes com CMH e SI, mas a relevância clínica deste achado ainda não está clara. O TI não é uma ferramenta vantajosa para avaliar a origem da síncope em tais doentes, principalmente por causa da sua baixa especificidade.