La ausencia de una metodología destinada al análisis de la micoflora en semillas de amaranto (Amaranthus spp.) ha motivado la realización del presente trabajo. A tal efecto, fueron sembradas semillas de dos cultivares (con y sin tratamiento de desinfección en forma previa a la siembra) en papel «Blotter test» y en cinco medios agarizados: Agar Papa Glucosado al 2% (APG), Agar Extracto de Glucosa Cloramfenicol (CYG), Agar Czapek (CZ), Agar para conteo en placa (PCA) y Agar Sabouraud (SAB). Los cajas fueron incubadas a 26 °C± 2 y 16 hs luz/8hs oscuridad de fotoperíodo durante siete días, a partir del cual se procedió a registrar el número máximo de géneros fúngicos desarrollados y el porcentaje de germinación de las semillas. Un total de catorce géneros fúngicos procedentes del campo y del almacenamiento fueron registrados, destacándose Alternaria por su mayor frecuencia de aislamiento. Al evaluar el número máximo de géneros fúngicos, se detectaron diferencias significativas entre los medios (p>0,001) resultando los medios APG, CZ y PCA los mas efectivos. Por otro lado, la desinfección aplicada a las semillas redujo en términos generales el desarrollo de hongos de crecimiento expansivo. El análisis de los datos correspondientes al porcentaje de germinación reveló la presencia de interacciones entre los cultivares y los niveles de desinfección significativas (p>0,001) en cuatro de los medios analizados; mientras que en el resto se registraron interacciones no significativas.