El diagnóstico de la infección por virus influenza reposa sobre técnicas virológicas directas e indirectas. Las diferentes pruebas diagnósticas poseen niveles de sensibilidad y especificidad variables que dependen en gran parte de las características genéticas y antigénicas del virus circulante. En el caso de la aparición de una nueva variante viral las pruebas disponibles en el mercado deben ser validadas para comprobar su eficiencia de detección para el nuevo virus. En caso de baja sensibilidad y especificidad, las pruebas deben ajustarse con el fin de mejorar su poder de detección del nuevo agente. Existen múltiples pruebas diagnósticas que presentan cada una sus ventajas y limitaciones y su selección dependerá de las condiciones específicas de cada laboratorio diagnóstico.