Contrapoder y justicia guerrillera, fragmentación política y orden insurgente en Colombia (1952-2003) es la última de las investigaciones desarrolladas por Mario Aguilera Peña que, junto a obras como Guerrilla y población civil. Trayectoria de las FARC 1949-2013 (2014), construye un compendio de nuevos enfoques de estudio del conflicto armado colombiano, desanudando temas hasta ahora menoscabados y poco visibilizados, como son: el estudio de las mentalidades insurgentes, los órdenes jurídicos guerrilleros, la relación de la estrategia militar en la interacción de los actores armados ilegales con la población civil y las relaciones sociales, en zonas de retaguardia militar guerrillera.