Objetivos: Estimar el costo económico incurrido en la DISA IV Lima Este durante el proceso administrativo para el reembolso del SIS, en el año 2002. Material y métodos: Se realizó un estudio de costos del reembolso del SIS involucrando la descripción de las actividades de reembolso de las diferentes instancias: medición de tiempos, recurso humano asignado a la atención de salud por el SIS, entre otros. Se costeó los pasos administrativos del reembolso y se describió las causas más frecuentes de rechazo. Basados en un estudio piloto, se estimó una muestra de 60 atenciones (nivel de confianza 95% y margen de error 0,03). Se diseño una ficha ad-hoc para el análisis del proceso de reembolso del SIS en los establecimientos de nivel I (Puestos y Centros). Resultados: El costo administrativo de facturación de la ficha de atención SIS fue en promedio de 5,49 (IC 95%: 2,75 - 8,23) nuevos soles (n.s.). El 100% de los reembolsos demoraron más de 30 días, con un tiempo promedio de 168 días (rango: 123 - 220 días). El costo administrativo - año estimado de las atenciones SIS fue 1448 251,02 n.s., para el año 2002, monto no reconocido o estipulado como pago por el SIS. Conclusiones: El costo calculado no reconocido en los reembolsos es alto y equivale a 3 621 internamientos en la Unidad de Cuidados Intensivos, a 14,483 atenciones de parto normal y a 10 345 atenciones de cesárea de acuerdo al tarifario SIS. (Rev Med Hered 2008;19:10-17).