Latar belakang. Apendisitis merupakan salah satu penyakit akut abdomen yang sering terjadi dan dilakukan operasi pada anak. Status gizi dan kebiasaan makan yang tidak baik menyebabkan penurunan respon imun dan peningkatan risiko infeksi pada anak. Tujuan. Mengetahui hubungan kebiasaan makan dan status gizi dengan kejadian apendisitis pada anak di Yogyakarta. Metode. Penelitian observasional dengan rancangan penelitian case control yang melibatkan 114 responden berusia 6-15 tahun yang dibagi menjadi dua kelompok. Kelompok kasus adalah pasien anak pasca operasi apendisitis di RS Khusus Anak 45, RSUP Dr. Sardjito, RS PKU Muhammadiyah Yogyakarta, dan RSKIA Bhakti Ibu, sedangkan kelompok kontrol adalah anak yang belum pernah menjalani operasi apendisitis dan bertempat tinggal satu wilayah dengan kelompok kasus. Hasil. Kebiasaan makan menunjukkan hubungan bermakna terhadap kejadian apendisitis pada anak p=0,001 (OR=14,87; IK95%:3,28-67,43). Status gizi menunjukkan hubungan bermakna terhadap kejadian apendisitis pada anak p=0,042 (OR=2,60; IK95%:1,02-6,65). Kesimpulan. Terdapat hubungan bermakna antara kebiasaan makan, kebiasaan jajan dan status gizi terhadap kejadian apendisitis pada anak di Yogyakarta.