O conceito de proteína e sua síntese são importantes para a compreensão de processos em biotecnologia, por exemplo, a produção de novos fármacos, área em avanço nas últimas décadas. Assim, o objetivo desse trabalho foi verificar, dentre alunos do Ensino Médio, quais tipos de concepções eles têm ou trazem sobre proteína e síntese proteica, e que tipo de influência pode ter contribuído para a formulação de tais concepções, através de um questionário diagnóstico, composto por questões abertas, aplicado a 133 alunos de uma escola pública e de uma particular. Os resultados analisados basearam-se em categorização de respostas. Concluímos que, mesmo os alunos já tendo estudado assuntos relativos a proteínas, ainda carregavam traços de concepções alternativas, o que forneceu informações valiosas sobre possíveis falhas no processo de aprendizagem. Assim, para que haja uma "ressignificação" desses conceitos, é necessário que as discussões desse tema sejam ampliadas, vinculando-os aos conteúdos correlatos previamente trabalhados.