Antecedentes. La empatía es un importante atributo que los estudiantes de medicina deben tener y ha sido poco estudiado en América Latina.    Objetivo. Determinar el nivel de orientación empática de los estudiantes de medicina de las universidades Libre, seccional Barranquilla, y San Martín, sede Puerto Colombia, Barranquilla. Materiales y métodos. La orientación empática de los estudiantes se midió mediante la aplicación de la Escala de Empatía Médica de Jefferson en español, diseñada para estudiantes —versión S—, validada en otros países de Latinoamérica y adaptada culturalmente a Colombia. La comparación de los datos se realizó mediante análisis de varianza bifactorial —Modelo III—.  Resultados. El nivel de orientación empática de los estudiantes tiene valores bajos, ubicados por encima del valor central del rango de la escala, 20 a140. Las diferencias entre las puntuaciones, según cursos y género, no fueron estadísticamente significativas al comparar los promedios de las sumatorias del puntaje de los estudiantes; sin embargo, se observó, un comportamiento diferente según el género entre las universidades: el femenino tuvo valores de orientación empática mejores que el masculino en la Universidad San Martín, mientras que en la Universidad Libre sucedió, relativamente, lo contrario. La comparación de las respuestas permitió observar que existen diferencias entre ellas.   Conclusiones. Los resultados de este estudio no explican la contradicción encontrada en relación a las diferencias de género y cursos entre universidades; sin embargo, estos resultados son consistentes con otros trabajos, especialmente realizados en Latinoamérica, que muestran variabilidad de la respuesta empática en estudiantes de medicina. Las diferencias entre las universidades no pueden atribuirse a causas psicológicas solamente, sino a la presencia de otros factores que también influyen en la respuesta empática.