Büyük Lota Gölü fitoplankton toplulukları ve su kalite özellikleri Ocak 2001-Aralık 2001 tarihleri arasında incelenmiştir. Fitoplanktonda 7 bölüme ait toplam 78 takson belirlenmiştir. Bu taksonların 29 tanesi Chlorophyta (% 37.2), 28 tanesi Bacillariophyta (% 35.9), 13 tanesi Cyanophyta (% 16.7), 3 tanesi Pyrrophyta (% 3.8), 3 tanesi Cryptophyta (% 3.8), 1 tanesi Euglenophyta (% 1.3) ve 1 tanesi Xanthophyta (% 1.3) bölümlerine aittir. Büyük lota gölünün yıllık ortalama sıcaklık: 18.9 oC, çözünmüş oksijen: 6.5 mg/l, pH: 8.3, toplam fosfat: 58 µg/l, nitrat: 0.3 mg/l, amonyak: 0.1mg /l, silika: 3.6 mg/l,  kalsiyum: 449 mg/l, sülfat: 269 mg/l ve klorofil a: 1.5 µg/l’dir. Biyolojik ve kimyasal özellikleri bakımından oligo-mezotrofik karakter gösteren göl, Kıta içi su kaynaklarının sınıflandırma kriterleri (SKKY)’ne göre I ve II sınıf su sınıfına girmektedir.