Kelompok ikan yang menjadi target penangkapan di perairan Kepulauan Karimunjawa antara lain adalah ikan yang berasosiasi dengan ekosistem karang, seperti Kerapu (Epinephelus sp. dan Plectropomus sp.). Kerapu tergolong ikan demersal yang menyukai hidup di antara celah karang atau di dalam gua di dasar perairan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kondisi bioekologi ikan Kerapu di Kepulauan Karimunjawa. Penelitian dilakukan pada tahun 2011-2013. Komunitas ikan Kerapu diamati dengan menggunakan metode transek garis pada kedalaman 5-6 dan 10-11 meter. Hasil analisis menunjukkan bahwa ikan Kerapu mempunyai keanekaragaman yang rendah dengan sebaran jenis yang merata di seluruh perairan. Terdapat dominasi jenis di Pulau Cendikian. Kesamaan jenis terdekat pada nilai  >95 % di kedalaman 5-6 meter dan 10-11 meter yang membentuk empat kelompok terdekat. Determinasi jenis ikan Kerapu dengan hasil tingkat kesamaan jenis terdekat dengan nilai >95 % di Pulau Kumbang (sisi utara), Pulau Kembar dan Batu Lawang. Perbedaan indeks ekologi dan kesamaan jenis Kerapu diduga dikarenakan faktor fisik-kimia perairan dan ketersediaan nutrisi serta oleh aktivitas nelayan dan kegiatan masyarakat. Kata kunci: ikan; Kerapu; indeks ekologi; Karimunjawa   Fish target groups in Karimunjawa waters consist of associated coral reef fish species such as grouper (Epinephelus sp. and Plectropomus sp.). This study aims to determine bioecology the condition of grouper in Karimunjawa waters. The study was conducted during 2011-2013. Data collection was performed using line transect method at 5-6 and 10-11 meters depth. The ecological value of grouper in waters Karimunjawa showed low diversity and the species of groupers is evenly distributed across the waters. There is species dominance in Cendikian Island. The species also showed closest similarity (> 95 %) in both the depth and formed 4 groups. The closest similarity (​​> 95 %) happened among the waters of north side of Kembang Islands Beetles (north side),  Kembar Island and Batu Lawang. The condition of groupers in Karimunjawa waters is affected by physical-chemical factors, the availability of nutrients, fishing activities and community activity.   Keywords: fish; grouper; ecological index; Karimunjawa