Se utilizó la técnica RAPD (amplificación al azar de ADN polimórfico) para el estudio de la diversidad genética de Oreochromis sp. (tilapia roja) en cinco piscícolas del Valle del Cauca (Colombia) y en la determinación del nivel de introgresión de las especies parentales Oreochromis mosambicus, O. niloticus y O. aureus. Se evaluaron 25 cebadores, ocho fueron polimórficos y se obtuvieron 109 bandas. Los valores de heterocigosidad esperada (0.196 a 0.256) y la estructura genética (Gst = 0.22) para Oreochromis sp. indicaron un elevado grado de polimorfismo y alta estructuración genética. Estos resultados fueron consistente con el Fst = 0.268 (P < 0.0001) dado por el Amova y el Gst = 0.040 del análisis de correspondencia múltiple. Los valores de similitud genética, el análisis de grupo, el análisis de correspondencia múltiple y el nivel de introgresion, indicaron diferencias significativas (P<0.0001) en los niveles de introgresión. El bajo nivel de diferenciación genética entre poblaciones podría ser el resultado de peces con el mismo origen genético y la alta variación dentro de poblaciones se puede presentar por prácticas de manejo. La introgresión entre piscícolas es significativa para O. aureus, mientras que las especies O. niloticus y O. mosambicus se encuentran introgresadas de forma similar en las poblaciones de Oreochromis sp.