Autofagia jest procesem katabolicznym o fundamentalnym znaczeniu dla przetrwania okresów niedoborów składników odżywczych i w recyklingu organelli komórkowych. W ostatnim czasie obserwuje się bardzo znaczący wzrost zainteresowania badaniem autofagii, a zaburzenia w jej przebiegu towarzyszą wielu chorobom. Niestety, warsztat jakim dysponujemy w badaniu autofagii pozostaje stosunkowo mało znany i ubogi. W pracy omówiono najczęściej stosowane metody badania autofagii. Oprócz mikroskopii elektronowej przedstawiono metody (fluorescencyjnei Western blotting) oparte na obserwacji przemian białek MAP1LC3 i p62/SQSTM – należących do podstawowych markerów autofagii.