La dégradation de la qualité des eaux par la pollution microbiologique représente un problème majeur de santé publique, notamment dans les eaux où s'exercent des activités humaines. Afin de définir les actions prioritaires à mener, une meilleure connaissance de l'origine des pollutions fécales est nécessaire. Cet article nous présente le développement d'une méthode innovante utilisant des marqueurs chimiques et microbiologiques permettant de différencier trois sources majeures de contamination des eaux de baignade en Bretagne : les déjections humaines, bovines et porcines.