Latar belakang. Deteksi dan pengobatan dini hipotiroid kongenital dapat mengurangi risiko terjadinya disabilitas intelektual, sehingga ketepatan waktu pelayanan merupakan kunci keberhasilan program skrining hipotiroid kongenital (SHK) pada bayi baru lahir. Tujuan. Mengevaluasi pelaksanaan program SHK pada bayi baru lahir di Yogyakarta tahun 2013-2015. Metode. Data ketepatan waktu pengambilan, pengiriman spesimen ke laboratorium dan data umpan balik hasil skrining dikumpulkan melalui catatan dan pelaporan program di fasilitas pelayanan kesehatan, Dinas Kesehatan Provinsi DIY dan Laboratorium Patologi Klinik FK UGM. Hasil. Persentase pengambilan spesimen yang tidak tepat waktu pada kelompok dana pemerintah (25%-32%) lebih besar daripada kelompok dana mandiri (11%-15%). Persentase pengiriman spesimen ke laboratorium yang tidak tepat waktu dari kelompok dana pemerintah (38%-45%) lebih besar daripada kelompok dana mandiri (7%-11%). Hasil tes TSH tinggi diterima oleh Dinas Kesehatan Provinsi DIY/Patologi Klinik UGM ketika usia bayi sudah lebih dari 2 minggu, sedangkan hasil tes yang tidak terbaca diterima ketika usia bayi 22-59 hari. Kesimpulan. Setelah dilaksanakan hampir 10 tahun, cakupan program skrining hipotiroid kongenital di Yogyakarta baru mencapai 10% bayi baru lahir. Masih banyak terjadi ketidaktepatan waktu pelayanan. Alur jejaring kerjasama program juga kurang efisien.