Latar belakang. Pertumbuhan dan perkembangan yang optimal pada anak dengan hipotiroid kongenital ditunjang oleh nutrisi yang seimbang dan adekuat. Salah satu mikronutrien yang dibutuhkan adalah vitamin D. Di Indonesia, belum ada data kadar vitamin D pada anak dengan hipotiroid kongenital. Tujuan. menentukan perbedaan kadar vitamin D antara hipotiroid kongenital dan anak sehat. Metode. Studi comparative dengan rancangan potong lintang kriteria inklusi anak berusia 1 bulan–5 tahun yang tidak mendapat suplementasi vitamin D. Periode penelitian bulan Juli hingga Desember 2015. Pemeriksaan kadar vitamin D dilakukan dengan metode ELISA. Perbedaan kadar vitamin D pada kedua kelompok dianalisis dengan Mann Whitney. Hasil. Didapatkan 70 subjek yang memenuhi kriteria inklusi terdiri atas 35 anak dengan hipotiroid kongenital dan 35 anak sehat. Kadar vitamin D rerata pada kelompok hipotiroid kongenital adalah 85,87 nmol/L dan pada kelompok anak sehat adalah 97,74 nmol/L. Kadar vitamin D pada hipotiroid kongenital berbeda bermakna dengan anak sehat (p<0,001). Kesimpulan. Kadar vitamin D pada hipotiroid kongenital lebih rendah daripada anak sehat.