Introducción. El litio es el medicamento de elección para el tratamiento del trastorno afectivo bipolar. Objetivo. Determinar el perfil de uso y las reacciones secundarias del litio en pacientes con trastorno afectivo bipolar en Colombia. Materiales y métodos. Se hizo un estudio observacional de cohorte retrospectiva entre el 1° de enero y el 31 de diciembre de 2013, en pacientes con diagnóstico de trastorno afectivo bipolar tratados con carbonato de litio en 25 ciudades colombianas. Se evaluaron las variables sociodemográficas, las dosis del litio, la medicación simultánea con otros fármacos, las interacciones medicamentosas y las reacciones adversas. Se hizo un análisis multivariado utilizando el programa SPSS 22.0®. Resultados. La edad promedio de los 331 pacientes fue de 44,5 ± 13,9 años, 59,2 % de ellos eran mujeres, la dosis promedio de litio fue de 898 ± 294 mg/día, y 22 % recibía dosis inferiores a las recomendadas; los participantes habían recibido el medicamento durante 38,0 ± 39,5 meses en promedio (rango: 12-159 meses), y solo a 13,5 % de ellos se les había hecho el análisis de litio en sangre. El 71,3 % recibía otros medicamentos como tratamiento coadyuvante para el trastorno afectivo bipolar, especialmente clozapina (16,6 %) y ácido valproico (16,6 %). Las principales enfermedades concomitantes fueron el hipotiroidismo (18,1 %) y la hipertensión arterial (12,7 %). Se encontraron 390 interacciones medicamentosas potencialmente tóxicas y se reportaron reacciones secundarias en 1,2 % de los casos. Se encontró una asociación estadísticamente significativa con un menor riesgo de recibir tratamiento combinado en pacientes tratados en las ciudades de Bogotá (odds ratio, OR=0,4; p=0,025), Cartagena (OR=0,3; p=0,015) e Ibagué (OR=0,3; p=0,025). Conclusiones. El litio se administraba en las dosis e intervalos recomendados, pero un porcentaje significativo recibía dosis inferiores a las recomendadas y no fue posible contrastar el efecto con los niveles de litio en suero. Se debe mejorar el reporte de reacciones adversas y la medición de los niveles de litio en suero en los pacientes con trastorno afectivo bipolar en Colombia.