Este trabalho foi realizado com o intuito de analisar a abundância relativa através de analise quantitativa dos invertebrados associados à macrófitas no Rio Apodi-Mossoró; Identificar os grupos funcionais de alimentação da fauna de invertebrados associados à macrófitas no Rio Apodi-Mossoró;Inferir sobre a qualidade ambiental do Rio Apodi-Mossoró, utilizando a fauna bentônica que ocorre junto à macrófitas; Determinar a estrutura taxonômica dos invertebrados em macrófitas; Analisar processos de sucessão ecológica em macrófitas através da determinação das unidades taxonômicas operacionais da comunidade zoobentônica ao longo do tempo; Para isso foi realizada 7 coletas de macrófitas no período entre novembro de 2010 a junho de 2011. A identificação dos invertebrados foi feita através de estereomicroscópio com o auxílio de bibliografias especializadas. A quantidade de macroinvertebrados foi expressa em número de macroinvertebrados por 100g de peso seco. Foram encontrados nas macrófitas 659 organismos distribuídos em 16 famílias pertencentes as classes gastropoda, insecta, anellida e crustacea. A classe gastropoda foi a que apresentou mais indivíduos durante as coletas principalmente da família dos Thiarídeos representados pela espécie Melanoide tuberculata um fato preocupante a saúde pública já que esta espécie e vetora de doenças como a esquistossomose.