El actual proceso de innovación tecnológica, alentado por una creciente liberalización y globalización de las economías a nivel internacional, ha propiciado importantes cambios en la organización y gestión de la industria marítima y portuaria que afectan significativamente a la productividad y eficiencia de las actividades desarrolladas en los puertos. En este contexto, la competitividad de nuestro país depende, en gran medida, del desarrollo de los sistemas de transporte, y en particular, de la existencia de unos puertos eficientes que permitan el trasvase de mercancías de un modo ágil y seguro. Por todo ello, en este documento analizamos la eficiencia de los principales puertos del Sistema Portuario Español (SPE) usando la metodología DEA (Análisis Envolvente de Datos). El estudio de los niveles de eficiencia alcanzados en los años precedentes por los distintos puertos que componen el SPE, nos permitirá analizar la evolución en los niveles de eficiencia de los mismos con el objeto de llegar a recomendaciones que permitan mejorarla en el futuro. Siendo conscientes de la complejidad y gran diversidad de los puertos que conforman el actual SPE proponemos el estudio previo de la estructura del sistema. El conocimiento de los distintos subsistemas que conforman el SPE nos permite definir grupos homogéneos de puertos en los que promover medidas específicas y diferenciadas que contribuyan a mejorar su eficiencia.