مقدمه: دورنمای  پرونده‌س الکترونیک سلامت (Electronic Health Record) در جوامع مختلف ثابت نبوده و در عین به همراه داشتن مزایا و فرصت ها، با چالش روبرو است. در این پژوهش سعی شده چالش ها معرفی و اجرای  EHR از دیدگاه متولیان آن در استان اصفهان بررسی شود. روش بررسی: پژوهش حاضر مطالعه‌ای کیفی است که  در سال 1389 خورشیدی در استان اصفهان انجام شد. با استفاده از روش پدیدارشناسی (فنومنولوژی) و از طریق مصاحبه‌ی عمیق نیمه ساختاریافته به استنتاج تجارب صاحب‌نظران حوزه‌ی سلامت در رابطه با چالش های اجرای پرونده‌ی الکترونیک سلامت و راهکارهای حل چالش ها پرداخته شد. مصاحبه شوندگان بر اساس نمونه‌گیری به روش گلوله برفی (Snow Ball) مشتمل بر 3 پزشک، 4 نفر از مدیران بخش های مختلف سلامت و 8 نفر از سایر متخصصانی بودند که در سطح بیمارستان‌ها و سایر مراجع مرتبط در این زمینه مانند معاونت درمان، سازمان‌های بیمه، ستاد دانشگاه و استانداری در رابطه با محتوا و ساختار پرونده‌ی الکترونیک سلامت مطلع و در این زمینه دارای فعالیت‌های پژوهشی بوده و یا در برنامه‌ریزی و معرفی پرونده‌ی الکترونیک سلامت در استان اصفهان فعالیت داشتند. یافته‌ها: پژوهشگر چالش‌های پرونده‌ی ‌الکترونیک سلامت در استان اصفهان و راهکارهای مربوط به حل آن‌ها را در دو بعد زیرساختاری و ساختاری استخراج و تبیین کرد. نتیجه‌گیری: متأسفانه نتایج این مطالعه نشان داد با وجود آن‌که پزشکان از مهم‌ترین کاربران پرونده‌ی الکترونیک سلامت‌اند، اما کم‌ترین نظرات را در رابطه با چالش‌ها ارایه داده‌اند و این کاستی قابل تأمل است چرا که اگر دال بر کم‌رنگ بودن نقش آن‌ها در معرفی و اجرای پرونده‌ی الکترونیک سلامت باشد این امر نتایج زیان‌باری به دنبال خواهد داشت.