Целью работы является изучение механизма возмещения налога на добавленную стоимость из бюджетов бюджетной системы Российской Федерации и поиск путей разрешения проблем возмещения налога на добавленную стоимость как с позиции налогоплательщиков, так и государства. Мировой опыт показывает, что незаконное возмещение сумм налога является распространенной и нерешенной в полной мере проблемой во многих странах. Автором проанализированы схемы незаконного возмещения НДС, в том числе с использованием «фирм-однодневок». Исследование проходит со стороны системно-структурного и деятельностного подхода. Методика данной работы включает в себя: анализ, синтез, систематизацию, группировку, табличный и графический методы. Представленный анализ позволил выявить актуальные направления совершенствования механизма предоставления налоговых вычетов по НДС. Предложены направления развития автоматизированной системы контроля НДС АСК-НДС 2, нацеленные на предотвращение незаконного возмещения НДС недобросовестными налогоплательщиками и снижение налоговых рисков невозмещения налога для добросовестных контрагентов.