Posisi politik santri dalam perkembangan politik nasional pasca Sidang Istimewa (SI) MPR 2001, belum banyak berubah, kecuali posisi NU dengan PKB-nya yang akan ditentukan bagaimana mereka menyikapi hasil SI-MPR tersebut. Megawati Soekarnoputri yang naik menjadi presiden ke-5 RI didampingi oleh Hamzah Haz sebagai wakil presiden yang oleh banyak pihak dipandang mewakili golongan santri modernis, walaupun ia sebagai warga NU. Kepemimpinan nasional saat ini dilihat banyak pihak sebagai representasi "koalisi" Islam-nasionalis. Jika tesis tentang "koalisi" baru tersebut mengkristal, mungkin akan banyak persoalan yang dihadapi oleh aktivis politik santri modernis, dan tentunya Muhammadiyah pada tataran perpolitikan di daerah.