In silico analysis of drought responsive transposons and transcription factors in Solanum tuberosum L.

In silico analysis of drought responsive transposons and transcription factors in Solanum tuberosum L.

Ebru DERELLİ TÜFEKÇİ;Behcet İNAL;
harran tarım ve gıda bilimleri dergisi 2019 Vol. 23 pp. 189--195
294
tufekci2019inharran

Abstract

Patates ( Solanum tuberosum L.) tahıl grubundan olmayan önemli bir kültür bitkisidir ve küresel gıda güvenliği açısından büyük bir öneme sahiptir. Kuraklık, tarımsal üretimde büyük verim kayıplarına neden olan başlıca abiyotik stres faktörlerinden biridir ve patatesde yumru oluşumu, yumru verimi ve yumruların kalitesini olumsuz yönde etkilemektedir. Birçok ökaryotik türdeki genomun büyük bir bölümünü hareketli elementler oluşturmaktadır. Transpozon elementlerin (TE) stres altında nasıl aktive olduklarının moleküler mekanızması birçok çalışmada tanımlamıştır. Stres ve çevresel zorlukların, özellikle bitkilerde hareketli elementlerin ekspresyonunu veya transpozisyonunu uyardığı bilinmektedir. Strese tepki veren bu genlerin transkripsiyonu büyük ölçüde transkripsiyon faktörleri tarafından kontrol edilmektedir. Son yıllarda, bitkilerin kurağa tepkilerinin düzenlenmesinde önemli role sahip bazı transkripsiyon faktörleri belirlenmiştir. Bu çalışmada, transkripsiyon homolojisi ve anotasyon yaklaşımı kullanılarak yumru büyütme dönemindeki patateste kuraklığa tepki veren hareketli elementler ve transkripsiyon faktörü aileleri tanımlanmıştır. Sonuçlarımız, hareketli elementlerin alt aileleri için okuma sayılarının DNA ve RNA transpozonları arasında farklı dağılımlar sağladığını ve bHLH, WRKY, NAC, AP2/ERF transkripsiyon faktörlerini kodlayan çok sayıda genin, kuraklık stresine tepkinin düzenlenmesinde önemli işlevlere sahip olabileceğini göstermiştir. Strese tepkide yer alan hareketli elementlerin ve transkripsiyon faktörlerin tanımlanması ve bunların beraber değerlendirilmesi, işlevsel genomik çalışmaları ve strese dirençli bitkilerin geliştirilmesinde yeni ıslah stratejilerinin tasarlanması için yararlı bilgiler sağlayabilir.

Citation

ID: 7564
Ref Key: tufekci2019inharran
Use this key to autocite in SciMatic or Thesis Manager

References

Blockchain Verification

Account:
NFT Contract Address:
0x95644003c57E6F55A65596E3D9Eac6813e3566dA
Article ID:
7564
Unique Identifier:
10.29050/harranziraat.439682
Network:
Scimatic Chain (ID: 481)
Loading...
Blockchain Readiness Checklist
Authors
Abstract
Journal Name
Year
Title
5/5
Creates 1,000,000 NFT tokens for this article
Token Features:
  • ERC-1155 Standard NFT
  • 1 Million Supply per Article
  • Transferable via MetaMask
  • Permanent Blockchain Record
Blockchain QR Code
Scan with Saymatik Web3.0 Wallet

Saymatik Web3.0 Wallet