Se analizó la diversidad genética en una población de Ziziphus mistol mediante el uso de marcadores moleculares ISSR. Se utilizaron siete primers para caracterizar 31 genotipos correspondientes a 10 árboles parentales y sus progenies. La proporción de loci polimórfi cos y los niveles de diversidad genética observados fueron bajos; sin embargo, todos los genotipos se diferenciaron en el dendrograma obtenido a partir de las distancias genéticas. Mediante AMOVA se determinó que la mayor proporción de la variabilidad genética existente se registró dentro de las progenies. El análisis de bandas paternas permitió  determinar el origen por cruzamiento de todos los genotipos obtenidos de semilla, demostrando la efi cacia de los mecanismos que favorecen la alogamia en la especie. Se discuten las posibles implicancias de la reducida diversidad observada y la necesidad de ampliar el análisis a otras poblaciones, con el fi n de elaborar e implementar medidas efi cientes de conservación y aprovechamiento de este recurso fitogenético.