A inovação vem sendo um elemento decisivo no desempenho financeiro das empresas e fortalece sua permanência no mercado. Algumas empresas aumentaram seus investimentos em inovação durante crises econômicas e tiveram um desempenho melhor no período pós-crise. Este artigo tem como objetivo principal verificar se fatores macroeconômicos afetam determinadas empresas inovadoras de forma menos severa do que afetam o mercado (empresas do índice Ibovespa). Considerando a carteira de empresas inovadoras que formam o Índice de Inovação Innoscience (carteira 3i), e utilizando dados de Julho/2007 a Setembro/2014, notou-se que a economia afeta as empresas inovadoras de uma maneira menos severa quando comparada ao mercado. Como objetivo secundário, este artigo busca verificar se o retorno das ações destas empresas inovadoras é maior do que o retorno do Ibovespa. Verificou-se que as médias dos retornos do índice Ibovespa e da carteira 3i não foram diferentes para o período estudado.