El Hospital San Juan de Dios fue de las primeras instituciones de la época de la Colonia planeadas por el espíritu de servicio de la comunidad de los religiosos, como obra humanitaria para la atención de la salud de la población necesitada y particularmente los españoles y los monjes. No existían fundaciones legales en ese tiempo. El antiguo Hospital San Pedro quedó allí para servicio de los religiosos.