O conhecimento da microbiota que compõe as diferentes áreas do organismo tem importância reconhecida para a compreensão de doenças infecciosas que podem acometer os avestruzes, embora se disponha de dados limitados acerca deste assunto na literatura. Foi objetivo deste estudo determinar as espécies de microrganismos (bactérias aeróbias e fungos) que compõem a microbiota normal de avestruzes. Para tanto, foram coletadas amostras de cloaca (N=50) e orofaringe (N=50) de avestruzes hígidos de um criadouro. Das amostras de cloaca, foram isolados Escherichia coli (76% das amostras positivas), Bacillus spp. (60%), Streptococcus spp. (18%), Staphylococcus coagulase-negativo (16%), Pseudomonas aeruginosa (8%), Rhodotorula spp. (8%), dentre outros microrganismos isolados em cultura pura ou em associação com outras bactérias e/ou fungos. Das amostras de orofaringe, foram isolados E. coli (74% das amostras positivas), Candida albicans (44%), Bacillus spp. (38%), Staphylococcus coagulase-negativo (32%), Klebsiella pneumoniae (32%), Rhodotorula spp. (8%), Criptococcus spp. (4%), dentre outros microrganismos isolados em cultura pura ou em associação com outras bactérias e/ou fungos. Verificou-se predominância de bactérias Gram negativas em relação às Gram positivas, nas microbiotas da cloaca e orofaringe. Verificou-se freqüência de ocorrência semelhante entre bactérias Gram negativas nas microbiotas da cloaca e orofaringe, bem como de bactérias Gram positivas nestes mesmos sítios. Observou-se maior ocorrência de leveduras em amostras de orofaringe quando comparadas com as de cloaca.