La resistencia a medicamentos antimaláricos aumenta la carga de malaria en un país. En Colombia, la situación de los antimaláricos es apremiante dada la alta resistencia de Plasmodium falciparum a la cloroquina y la escasez mundial de amodiaquina. Ante este panorama, se evaluó la respuesta terapéutica a sulfadoxina/pirimetamina (SDXP) y cloroquina (CQ) como monoterapias y en combinación para el tratamiento de malaria no complicada por P. falciparum, aplicando el protocolo de OMS/OPS 1998, en Turbo y Zaragoza, dos municipios de Antioquia, Colombia. Se diseñó una muestra para grupos balanceados y los pacientes fueron asignados aleatoriamente a los grupos de tratamiento. Se evaluaron 160 pacientes con malaria por P. falciparum sin complicaciones. La distribución de pacientes de ambos municipios en cada grupo de tratamiento fue estadísticamente similar en la mayoría de variables. En Turbo hubo un porcentaje de falla terapéutica de 87,5% a CQ, 22,2% a SDXP y de 22,6% a la combinación, mientras en Zaragoza la falla terapéutica fue de 77% a CQ, 26,5% a SDXP y 12,1% a SDXP/CQ. Durante el seguimiento, 50% y 33,3% de los pacientes con falla terapéutica tardía en Turbo y Zaragoza, respectivamente, fueron asintomáticos. Este estudio encontró un alto nivel de falla terapéutica con CQ en ambos municipios, mientras la SDXP y la combinación mostraron niveles de falla cercanos al 25%. Es de anotar el hallazgo de pacientes con falla tardía parasitológica y el riesgo que significa esta situación en la permanencia de la transmisión.