Isu yang berkembang terkait pengetahuan dan persepsi seorang calon tenaga kesehatan memengaruhi keberhasilan pelayanan kesehatan dalam menjawab tantangan di masyarakat nantinya. Shisha (rokok dari Timur Tengah) mulai marak di Yogyakarta. Tujuan penelitian ini untuk memperoleh gambaran tentang tingkat pengetahuan dan persepsi terhadap shisha pada mahasiswa reguler tahap akademik Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif menggunakan rancangan potong lintang. Sampel penelitian adalah mahasiswa dari tiga program studi yang dilakukan pada bulan September - Oktober 2013. Jumlah responden sebanyak 72 mahasiswa ilmu keperawatan, 74 mahasiswa gizi dan kesehatan dan 258 mahasiswa pendidikan dokter. Pengumpulan data dilakukan dengan kuesioner. Analisis dilakukan dengan uji Mann-Whitney U dan uji-t. Hasil analisis statistik menunjukkan tingkat pengetahuan terhadap shisha pada mahasiswa dikategorikan kurang, sedangkan persepsi dikategorikan cukup. Hasil analisis uji beda menunjukkan tidak terdapat perbedaan tingkat pengetahuan dan persepsi terhadap shisha antar kelompok program studi (p=0,05). Knowledge and perception of medical student toward issue influence their health service to challenge in public. Shisha (cigarette from middle east) increasingly widespread in Yogyakarta. This study was aimed to assess the knowledge and perception of undergraduate students toward shisha at the Faculty of Medicine Gadjah Mada University. This study was descriptive and cross sectional study. It was undertaken in three study programs in September to October 2013. The respondents consisted of 72 of nursing students, 74 nutritionist student and 258 medicine students. The data were collected by questionnaires. Data was analysed by Mann-Whitney U-test and t-test. The result showed knowledge about shisha of the student was mostly rated as low, while perceptions toward shisha was rated as enough. The comparation analysis showed that there’s no difference of knowledge and perception toward shisha between study program groups (p=0.05).