Introducción. Giardia intestinalis es un parásito protozoario que causa la infección gastrointestinal conocida como giardiosis, la cual se transmite principalmente a través de la contaminación fecal-oral. Estudios genéticos de aislamientos de Giardia cultivados axénicamente han identificado dos grupos genéticos principales distribuidos en el mundo. En el presente estudio se analizaron 24 cepas nativas del parásito por medio de la técnica RAPD (ADN polimórfico amplificado aleatoriamente). Objetivo. Determinar el nivel de polimorfismo y la complejidad de las cepas circulantes en áreas específicas de Colombia. Materiales y métodos. Se utilizó el método RAPD debido a que permite obtener un análisis rápido, sencillo y confiable, que no requiere conocimiento previo de la genética del parásito. El análisis RAPD se realizó en cultivos continuos de aislamientos nativos recolectados en Colombia entre 1997 y 2001. Se evaluaron separadamente diversos iniciadores con el objeto de incrementar la capacidad de discriminación del método. Resultados. De las 24 cepas incluidas en el estudio, 22 se agruparon en clusters independientes. Las cepas que provenían de la misma zona geográfica, y que fueron recolectadas aproximadamente al mismo tiempo, generalmente presentaron patrones RAPD sumamente similares pero distinguibles entre sí. Se analizaron así mismo los clones aislados de una misma cepa y fue posible diferenciarlos molecularmente. Conclusión. Los resultados de las cepas estudiadas indicaron que éstas corresponden al genotipo A, y sugieren que consisten en una mezcla heterogénea de poblaciones strechamente relacionadas.