Se presenta nueva información sobre la taxonomía, la distribución y la historia natural de los lagartos Mabuya berengerae y M. pergravis; así como de la serpiente Coniophanes andresensis, tres especies endémicas y poco conocidas de las islas de San Andrés y Providencia, las cuales se creían muy raras e incluso extintas. A pesar del poco tiempo de estudio en las islas, se evidenció que los lagartos no son raros, encontrándose hasta ocho ejemplares cada media hora. La evaluación del estado de conservación según los parámetros de la IUCN para las tres especies, clasifica a M. berengerae y M. pergravis como especies casi amenazadas (NT) y a C. andresensis como una especie en peligro crítico de extinción (CR). La pequeña área de distribución geográfica, el impacto antrópico y la introducción de especies exóticas pueden ser las principales causas de la disminución de la población de C. andresensis. Se analizaron algunos caracteres taxonómicos en M. berengerae (hasta ahora conocida de un solo ejemplar), encontrándose ciertas discrepancias que hacen necesaria su redefinición. Se recomienda realizar programas de investigación básica, conservación y educación, así como proteger los hábitats naturales de las islas.